Дальнейшая карьера Мерцалова сложилась иначе. После Рязани он был переведен в Омск, а затем в 1879 году стал томским губернатором.
Здесь вместе с нашим земляком уроженцем села Балахта Захарием Цибульским, ставшим впоследствии городским головою Томска, они сделают все возможное, чтобы Сибирский университет открылся именно в этом городе. И сегодня слова, сказанные Василием Мерцаловым при закладке Сибирского университета 26 августа 1880 года, не потеряли своей мудрости и простоты. «Всякие вообще реформы и государственные меры, — говорил он, — захватывающие собой различные условия жизни, разнообразные, часто противоположные, интересы, имеют свойство удовлетворять одних и вызывать неудовольствие в других. Люди отживших взглядов и обычаев, чувствовавшие себя тепло и покойно при прежних формах жизни, обыкновенно при осуществлении того или иного государственного предначертания становятся в ряды недовольных и с большей или меньшей досадой порицают новую меру, находя ее и несвоевременной, и неудачной.
Порядок управления в каждом цивилизованном государстве представляет собой весьма сложную систему разнообразных функций государственного организма, заключая в себе и международные отношения одного государства к другим, или его политику внешнюю, и условия его обороны, иначе — устройство его боевых сил, и его производительные средства, иначе — финансовое право, и внутренние отношения его граждан между собой, личные и имущественные, иначе — гражданское право, и как защиту этого права в случае его нарушения — право уголовное, и устройство разумной, прочной системы духовно-нравственного образования народа, и его санитарную часть и т. д. и т. п. Из этого далеко, впрочем, не полного перечня видно, как обширна и сложна задача государственного управления и как много хорошо подготовленных и хорошо направленных сил требует она для своего осуществления. Соприкасаясь бесчисленным множеством точек с жизнью народа, все отрасли государственного управления, каждая отдельно и в общей их совокупности, всегда и везде оказывают огромное влияние на склад этой жизни, проникая в разнообразнейшие ее изгибы, возрождая новые условия и регулируя установившиеся общественные отношения. Поэтому в высшей степени важно, чтобы органы этого управления, как руководящие, так и исполнительные, находились на высоте своего назначения: первые — в установлении и развитии начал, направленных к достижению государственных целей и общественного блага, а последние — в точном и разумном осуществлении их на самом деле.
