28 мая 1919 года под председательством И.К. Ксенофонтова состоялось совместное заседание коллегий ВЧК, МЧК, НКВД и представителей Московского комитета РКП (б). В заседании участвовали Ф.Э. Дзержинский, Я.X. Петерс, М.И. Васильев, В.М. Загорский, В.Н. Манцев и другие руководящие работники. Обсуждался вопрос об организации борьбы с контрреволюцией в Москве. Было принято решение образовать при МЧК оперативный штаб во главе с Петерсом, который объединил бы все органы, ведущие борьбу с контрреволюцией в столице, развернуть агитацию среди рабочих, усилить деятельность Особого отдела МЧК.
Сразу после совещания Всероссийская чрезвычайная комиссия, НКВД, МК РКП (б) и МЧК осуществили намеченные меры по обеспечению революционного порядка в столице. Под руководством оперативного штаба были произведены аресты контрреволюционных агитаторов, усилена охрана важных политических и военных объектов. МЧК провела массовые обыски в домах, где жили буржуазные элементы и бывшие офицеры, изъяла большое количество оружия, припрятанных драгоценностей, продовольственных товаров. Московский комитет партии направил десятки большевистских агитаторов на заводы и в казармы.
Одной из наиболее трудных проблем в работе Ксенофонтова весной и летом 1919 года было пополнение ВЧК кадрами. Несмотря на то, что в марте многие губкомы возвратили в ЧК ранее отозванных чекистов, сотрудников все равно не хватало. Более того, с усилением военных действий на фронтах партийные комитеты сплошь и рядом начали мобилизовывать коммунистов-чекистов в армию, никого не давая взамен.
Дзержинский и Ксенофонтов писали письма в ЦК РКП (б), в местные партийные органы с просьбой не отзывать коммунистов из чрезвычайных комиссий. Центральный Комитет партии удовлетворил просьбу ВЧК и дал несколько директив губкомам РКП (б) с запрещением мобилизовывать чекистов и требованием усилить ЧК надежными работниками.
Заботясь об укреплении ВЧК честными, надежными работниками, Иван Ксенофонтович нетерпимо относился к сотрудникам, которые совершали должностные преступления, нарушали чекистскую этику, дискредитировали своим поведением звание чекиста.
…В середине июня Ивану Ксенофонтовичу позвонил Дзержинский и попросил зайти к нему. Когда Ксенофонтов вошел в кабинет председателя ВЧК, то заметил, что Феликс Эдмундович был чем-то крайне взволнован.
— Иван Ксенофонтович, нехорошие сведения из Казани, — сказал Дзержинский. — По постановлению губкома партии и коменданта укрепленного района арестованы двое ответственных работников губчека. Обвиняются в пьянстве и получении взяток. Карлсон, председатель ЧК, пытается защитить своих сотрудников, считает, что тут не обошлось без личной мести. Дело будет рассматриваться в Казанском ревтрибунале. Для участия в его работе ЦК назначил комиссию. Поедете вы и нарком юстиции Курский. Свяжитесь с ним, согласуйте время отъезда.
