Делегаты поддержали предложение Ксенофонтова. Оно вошло в принятое конференцией Положение о чрезвычайных комиссиях на местах.
Вскоре при всех губернских и уездных ЧК стали создаваться контрольно-ревизионные коллегии с участием представителей губернских и уездных комитетов партии. Они проверяли постановку следствия в чрезвычайных комиссиях, накладывали вето на те приговоры ЧК, которые были недостаточно обоснованы, принимали жалобы от населения. Эти коллегии являлись одним из эффективных средств партийного контроля за работой сотрудников ЧК.
Летом 1918 года классовая борьба в Советской России достигла небывалой остроты. С востока и запада, с севера и юга наступали интервенты, белогвардейские войска и армии возникших на окраинах эсеро-меныпевистских правительств. Республика оказалась в огненном кольце фронтов. В глубоком подполье действовали заговорщические контрреволюционные организации — «Национальный центр», «Союз возрождения России», филиалы савинковского «Союза защиты родины и свободы». В ряде городов им удалось поднять мятежи. По всей республике полыхало пламя кулацких восстаний. Начался белый террор.
6 июля 1918 года левые эсеры убили немецкого посла Мирбаха. Они рассчитывали таким путем сорвать Брестский мир, спровоцировать войну с Германией. Убийцы — сотрудник ВЧК Блюмкин, незадолго до того отстраненный Ф.Э. Дзержинским от должности, и фотограф Андреев — проникли в помещение посольства по мандату, на котором были поддельные подписи Дзержинского и Ксенофонтова и подлинная печать ВЧК. Ее поставил Александрович. Совершив террористический акт, Блюмкин и Андреев скрылись в особняке в Трехсвятительском переулке, где находился основной боевой отряд ВЧК, которым командовал левый эсер Попов. Там же разместился штаб мятежников.
Ф.Э. Дзержинский, как только получил сведения об убийстве Мирбаха, немедленно поехал в германское посольство. Ему рассказали о случившемся, передали брошенный террористами портфель и забытое ими подложное удостоверение. После этого Феликс Эдмундович направился в отряд ВЧК в Трехсвятительском переулке, где, как он предполагал, могли укрыться Блюмкин и Андреев. Дзержинский хотел выяснить, является ли убийство посла личным делом преступников или же заговором партии левых эсеров. Мятежники арестовали Феликса Эдмундовича.
Совнарком, узнав об аресте Дзержинского, поручил члену коллегии М.И. Лацису временно осуществлять руководство комиссией. Однако вечером левые эсеры захватили здание, где размещалась ВЧК, арестовали Лациса и увезли его в свой штаб. Вскоре мятежники овладели московским телеграфом, разослали повсюду телеграммы с сообщением о восстании против большевиков.
