Надо сказать, что обычно ссыльнокаторжным не разрешали встречаться с людьми, приезжавшими на Сахалин из столиц, но для Ювачева было сделано исключение из-за его «примерного поведения», которым он отличался еще в Шлиссельбурге. По этой же причине ему разрешили работать по специальности. В конце концов, «каторжная» жизнь Ювачева на острове сложилась так, что в 1891 году он стал капитаном первого сахалинского парохода «Князь Шаховской», на котором также проводил научные изыскания.
Там же, на Сахалине, Ювачев влюбился в Марию Антоновну Кржижевскую, приехавшую добровольно работать на остров и желавшую «умереть с каторжными». Она работала акушеркой и фельдшерицей, а затем стала официальной заведующей метеорологической станцией, на которой Ювачев работал. «Мне кажется, я любил ее и любил искренно, даже страстно», — записал он вскоре после того, как она скончалась от чахотки.
В 1895 году ему разрешили уехать с острова — это был первый случай освобождения с Сахалина политического заключенного. Ювачев переезжает во Владивосток, где живет два года. В 1897 году он возвращается в Европейскую Россию, живет сначала в Любани, затем получает разрешение переехать в Санкт-Петербург. В 1899 году ему окончательно возвращают все гражданские права.
С 1897 года Ювачев начал сотрудничать в журнале «Исторический вестник». В первых семи книгах этого журнала за 1900 год публикуются его воспоминания «Восемь лет на Сахалине» (в 1901 году книга вышла отдельным изданием). Побывал он и в паломничестве в Палестине, очерки о котором публикуются в «Историческом вестнике» в 1902 году (отдельное издание — 1904 год). За свои научные труды И. П. Ювачев был избран членом-корреспондентом Главной физической обсерватории Академии наук.
И. П. Ювачев был человеком чрезвычайно интересным, притягивавшим к себе людей. В январе 1901 года, когда он находился в Ташкенте, с ним познакомился путешествующий Максимилиан Волошин. Восхищенный личностью Ювачева, Волошин 17 января пишет матери: «Он какой-то совсем удивительный человек — примиренный, ровный — в типе Достоевского и религиозный. Статьи его очень стоит прочесть. Он тут тоже „техником“ и на изысканиях. Мы с ним видимся почти каждый день и ведем бесконечные разговоры». 4 февраля он снова пишет матери о Ювачеве: «Я приеду с Ювачевым и он остановится на несколько дней в Москве, и я вас тогда непременно познакомлю с ним. Он удивительно интересный и удивительно хороший человек. В нем какая-то удивительная уравновешенность и примиренность, которая особенно поражает после его рассказов о тех ужасах, которые он переиспытал за 4 года в Шлиссельбурге и за 8 лет на каторге. Положим, он сам не любит это говорить и говорит очень редко об этом. Он глубоко религиозен, до экстаза, но и это в нем как-то очень уравновешенно и не поражает. Вообще это очень интересный и симпатичный человек во всех отношениях, и мне ужасно интересно, какое впечатление произведет он на вас».
