Резкая перемена в соотношении сил мгновенно сделала Софью беспомощной. Теперь ей диктовал уже Петр (главным референтом которого был, по-видимому, князь Б.А. Голицын). И вот, Петр уже приказывает царевне вернуться в Москву. Вернувшись с дороги в Москву, она обнаружила, что и стрельцы от нее уже отвернулись. Стрелецкое начальство потянулось в Троицу. Начались разоблачения замыслов Софьи и Ф. Шакловитого. 6 сентября те же стрельцы потребовали выдачи Ф. Шакловитого. 7 сентября он был перевезен в Троицу и через 5 дней казнен с группой сообщников. Став отныне «зазорным лицом», Софья Алексеевна была заточена в Новодевичьем монастыре в Москве, где и умерла в 1704 г .
Придя к власти, Петр, отнюдь не погрузился в текущее государственное управление. Этим занималось новое правительство (Л.К. Нарышкин, Б.А. Голицын, П.А. Лопухин, Т.Н. Стрешнев и др.). Сам же семнадцатилетний царь по-прежнему был целиком поглощен любимыми занятиями: военными играми и строительством кораблей. В последнем случае он как бы на ощупь двигался ко все более масштабным делам. Началось с найденного среди старья в амбаре Н.И. Романова маленького ботика, который после ремонта был спущен на р. Яузу. А зимой 1692 г . он уже строит на Плещееве озере почти вполне серьезные корабли. В следующем же году Петр отправляется с многочисленной свитой в Архангельск — настоящий порт, где знакомится с голландскими, английскими и иных стран кораблями, закладывает свой первый морской корабль.
Игра в сухопутные войны со временем также обретает все более серьезный объективный смысл, хотя внешне это вроде бы была потеха, в коей участвовали шутейные «генералиссимусы», карлы, в ходу были карикатурные гербы и знамена. В течение пяти лет Петр разыгрывал сражения, где с традиционными «стрелецкими» формированиями (из придворных конюхов, новых охочих людей и т.п.) сражались войска нового строя. Объективно же военные маневры служили прекрасной школой для рождавшейся новой армии и прежде всего потешных Преображенского и Семеновского полков. Учебные бои были далеко не безопасны. В одном из «боев» в июне 1690 г . порохом опалило лицо и самому Петру Алексеевичу.
Самые грандиозные многодневные маневры состоялись 23 сентября — 18 октября под селом Кожуховом у Москвы-реки.
В годы своеобразных «петровых университетов» вокруг царя сплотилась неформальная, внешне эпатирующая своим поведением московскую традиционную знать «компания», с нарочитым демократизмом как бы установившая «рядовое положение» в ней царя, который был как бы и не царь вовсе, а просто «господин капитан» Петр Алексеев. В этой компании был свой, ходульный, конечно, король или «князь-кесарь». Им был князь Ф.Ю. Ромодановский. Правила игры были таковы, что «князь-кесарь» мог даже призвать к почтению по отношению к своей особе и «капитана Петра Алексеева».
