«Великий пожар» случился 21 июня 1547 года. Кремль горел, огонь уничтожил не только городские строения, но и большую часть государственной казны, запасы пороха. Царь Иван Грозный вместе с царицей Анастасией наблюдал его с Воробьевых гор.
Во время осады столицы в 1571 году крымским ханом Девлет-Гиреем Москва за три часа выгорела так, что, по свидетельству очевидцев, не осталось даже обгорелого пня, к которому можно было бы привязать лошадь.
В начале XVII века, во время польско-шведской интервенции, Кремль подвергся сильнейшему разорению. Особенно пострадал царский дворец. Позднее на его месте были спешно отстроены новые деревянные хоромы, которые дважды, в 1613 и 1626 годах, уничтожали пожары. Самым сильным был пожар 1626 года, после которого было принято решение строить в Кремле преимущественно каменные дома. Однако в начале XVIII века указом Петра I в связи с возведением новой столицы Санкт-Петербурга каменное строительство в Москве было запрещено.
В 1737 году в Кремле в очередном большом пожаре сгорели многие древние постройки.
В начале XX века Кремль стал ареной борьбы за установление в Москве власти Советов. В октябре-ноябре 1917 года с колокольни храма Христа Спасителя корректировалась прицельная артиллерийская стрельба по Кремлю, в котором засели юнкера. Тяжелые орудия били несколько суток, днем и ночью, в результате чего были повреждены главная кремлевская святыня Успенский собор, Чудов монастырь, собор Двенадцати апостолов, Беклемишевская башня и многие другие строения, имевшие огромную историческую и культурную ценность.
Кремлевский Благовещенский собор был построен в 1489 году. В нем проходили церемонии бракосочетания, именин и крещения, настоятель собора до начала XX века был духовником царской семьи. Северная и западная галереи были соединены с входом в царский дворец. В 70-х годах XVI века для Ивана Грозного пристроили паперть с высоким белокаменным крыльцом. С дворцом собор соединялся специальным переходом. Во время торжественных церемоний, проходивших на Соборной площади, храм служил для парадного выхода из дворца великого князя (позднее царя) и его свиты. Здесь сохранился уникальный ансамбль фресок времен Ивана Грозного, а на столпах — генеалогия московских правителей.
7 мая 2000 года в Благовещенском соборе, по случаю вступления в должность нового президента РФ В. В. Путина, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил благодарственный молебен. Президент В. В. Путин с супругой прибыл в собор сразу после завершения официальной церемонии инаугурации. По окончании молебна предстоятель Русской православной церкви благословил президента и его супругу образом святого благоверного князя Александра Невского и обратился к ним с напутственным словом. В завершение встречи Святейший Патриарх передал главе государства мозаичные образа Спасителя и святителя Николая для Спасских и Никольских ворот Московского Кремля. Хочу пояснить, что все официальные действия главы государства остаются сугубо светскими, и данная церемония лишь подчеркивает его личную принадлежность к православной конфессии.
