Как известно, со времен Петра, перенесшего столицу в Санкт-Петербург, Москва звалась «первопрестольной». И хоть вся основная императорская и чиновная жизнь двести с лишним лет протекала на берегах Невы, Московский Кремль не был законсервирован. Здесь продолжалась духовная и культурная жизнь. Неподалеку от Кремля, в здании Сухаревой башни расположилась созданная указом Петра I школа математических и навигацких наук, которая находилась в ведении кремлевской Оружейной палаты. Одновременно с Навигацкой школой при Посольском приказе были открыты курсы иностранных языков, создана московская Бурмистрская палата, которая была призвана собирать налоги со всех российских городов, так что постепенно она стала выполнять функции главного казначейства. В Потешном дворце в 1806 году поселились комендант Москвы и его канцелярия, в здании Сената до революции находились Московская судебная палата, которая рассматривала политические дела, и Московский окружной суд, а в Кавалерском корпусе жили чиновники судебной палаты с семьями.
На протяжении веков Кремль являл собой сакральный центр страны. Еще в правление Ивана Калиты рядом с храмом Спаса на Бору здесь был основан Спасский монастырь. В начале XIV века на территорию Кремля переехал митрополичий двор. В 1365 году митрополит Алексий основал мужской Чудов монастырь, расположенный ближе к Соборной площади. История его основания связана с чудесным исцелением по молитве митрополита Алексия ханши Тайдуллы, матери золотоордынского хана Джанибека. В XV—XVI веках наряду с Троице-Сергиевым, Иосифо-Волоколамским, Кирилло-Белозерским монастырями Чудов монастырь был одним из крупнейших на Руси. В 1407 году вдова Дмитрия Донского княгиня Евдокия основала в Кремле Вознесенский монастырь, который стал усыпальницей великих княгинь и других представительниц великокняжеского дома. Уже при Иване III, в 1490 году Спасский монастырь был перенесен за кремлевские стены. С конца XVI века в Кремле находилась резиденция патриархов Московских и всея Руси. При патриархе Никоне рядом с царским дворцом здесь были возведены новые Патриаршие палаты, а после учреждения в 1721 году Святейшего Синода — Синодальный дом.
Кремль до 1918 года оставался центром православной жизни, в его 25 церквях и соборах ежедневно шли службы. 23 января 1918 года советская власть приняла декрет «О свободе совести и религиозных обществах», вошедший позднее в собрание узаконений (1918. № 18) под названием «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви». Декретом определялось, что «никакие церковные и религиозные общества не имеют права владеть собственностью, прав юридического лица они не имеют, и все имущества существующих в России церковных и религиозных обществ объявляются народным достоянием»
