В 1959 году предполагалось, что перед боевым применением полки с ракетами Р-5М будут выезжать с мест постоянной дислокации на полевые позиции и оттуда осуществлять пуск. Первый же опыт таких учебных действий с августа по октябрь 1959 года с выездом на места стрельб полков из городов и поселков Гвардейск, Симферополь, Славута, Манзовка показал ошибочность действий.
"Следует отметить, что в 1957-1958 годах международная обстановка была сложной и Генеральный штаб поставил задачу четырем полкам, вооруженным ракетами Р-5 (Р-5М в 1959 году – прим. авт.), занять стартовые позиции и нести боевое дежурство. Личный состав и ракеты разместились в специальных палатках, наземное оборудование – на открытых площадках. С наступлением осени пошли дожди, в лесу стало сыро и холодно, начались болезни, настроение личного состава стало падать. В более выгодном положении оказались офицеры полка, дислоцированного в г. Гвардейске (командиры дивизионов и полка, пользуясь небольшим удалением стартовых позиций, по несколько человек поочередно отпускали в город к семьям). В конце октября того же года полки были отозваны с боевого дежурства и возвращены в пункты дислокаций. Небольшой, практически трехмесячный опыт несения боевого дежурства по этому варианту показал все его недостатки. Офицеры штаба реактивных частей пришли к твердому убеждению, что ракетные части – это части постоянной боевой готовности". (Ветераны-ракетчики вспоминают. – ЦИПК, 1994. С. 227).
10 мая 1959 года на боевое дежурство вблизи села Перевальное под Симферополем заступил первый в истории страны полк, вооруженный баллистическими ракетами Р-5М с ядерными боеголовками. Это было боевое дежурство с выездом на полевые позиции. Позже было принято решение о том, что боевые ракеты с ядерными головными частями должны нести постоянное боевое дежурство.
В начале 1960-х годов ракета Р-5М была снята с вооружения. Есть данные о том, что ракета была снята с вооружения в 1968 году.
Р-5М – первая отечественная ракета с ядерным зарядом, которая несла боевое дежурство за пределами СССР. В 1958 году инженерные бригады, вооруженные боевыми ракетными комплексами Р-5М, были дислоцированы вблизи ряда городов и поселков. В пределах досягаемости Р-5М были американские базы ракет "Юпитер" и "Тор" в Италии, Турции и ФРГ. Британские ракетные базы в Йоркшире и Суффолке были за пределами досягаемости Р-5М, обладавшей, как уже говорилось, максимальной дальностью стрельбы 1200 км.
