Снова было возбуждено дело епископа Брисонне. Его потребовали к суду, опять он присягнул в своей «правоверности» и отрекся от «лютеровой ереси». Тогда Сорбонна приказала арестовать пятерых человек, казавшихся ей особенно подозрительными, и прежде всего Лефевра, Русселя и Кароли. Но когда за ними явились, их уже не было у епископа. С помощью Маргариты он скрыл их и дал им возможность бежать в Страсбург, который давно играл роль убежища для всех преследуемых за веру. В Страсбурге беглецы нашли самый радушный прием у тамошнего ученого Капитона, раньше уже приютившего у себя Фареля. Вскоре к ним присоединились Мишель Аранд, обвиненный в ереси, Симон де Турне, обратившийся в протестантство из евреев и пользовавшийся большой поддержкой Маргариты, Корнелиус Агриппа, бывший придворный врач Луизы, и еще несколько человек, которых связывало не только единство убеждений и веры, но и чувства глубокого уважения, любви и благодарности к королевской сестре, не перестававшей всячески помогать своим друзьям, даже в изгнании. Она посылает им крупные денежные пособия. Вот как описывает ее деятельность один из католических историков того времени, Флоримон де Ремон (Florimond de Rémond):
Герцогиня Алансонская, добрая, но легкомысленная женщина, охотно их [протестантов] слушает, получает от них книги и заставляет королевского духовника, епископа де Санлис, переводить на французский язык латинские молитвы. Она говорит королю о лютеранстве, развивает ему тезисы их религии, думая сделать его более мягким и гибким. Она из жалости открывает свой дом всем изгнанным и осужденным. Всеми историками обеих партий отмечено, что эта принцесса, не желая худого, одна виновата в сохранении французских лютеранцев и в том, что церковь, с тех пор присвоившая себе название «реформатской», не могла быть уничтожена в самом своем зародыше, ибо она не только внимала их беседам, которые вначале были вполне благонамеренны и не так смелы, как впоследствии, но, кроме того, содержала нескольких из них на свой счет в школах Франции и Германии. Она с удивительным рвением спасала и защищала всех тех, кто находился в опасности из-за своих религиозных убеждений, и помогала скрывшимся в Страсбурге и Женеве. Туда-то послала она ученым четыре тысячи в один раз. Словом, эта мягкая принцесса в продолжение девяти или десяти лет не имела другой заботы, как спасать тех, кого король хотел подвергнуть строгостям суда. Она часто говорила ему о них и понемногу старалась внушить ему жалость к ним, в чем ей помогала герцогиня д'Этамп.
