То было время надежд и начинаний для христиан, и при этом то было окончание эры египетского язычества и сопутствовавшей ему культуры. В эллинизированной Александрии по приказу патриарха Феофила (385-412) был разграблен и превращен в церковь Святого Иоанна Крестителя знаменитый Серапеум. В то же время храм и Серапеум в Канопе превратили в церковь, освященную во имя святых Кирилла и Иоанна. Последние языческие ученые бежали, спасая жизни, а монахи заселяли древние великолепные руины. У мифа о том, как арабы сожгли Александрийскую библиотеку и с ней великое наследие античной науки, долгая история, и этот миф до сих пор гуляет среди тех, кто хотел бы дискредитировать ранний ислам. Печальная действительность состоит в том, что великая библиотека Птолемеев погибла, вероятно, в 48 году н. э., когда Юлий Цезарь поджег флот в гавани и огонь перекинулся на город. Храмовые библиотеки, пережившие ее, были, возможно, уничтожены христианами в конце IV века.
В то время, когда в Александрии шло планомерное наступление на античное наследие, заканчивалась и древнейшая традиция египетских фараонов. Последняя датированная иероглифическая надпись, посвященная празднеству рождения Осириса, была высечена 24 августа 394 года на стенах храма Исиды на острове Фила вблизи Асуана. Задолго до того, как мусульмане завоевали страну, знание древнего письма, передававшего деяния фараонов, их жрецов и министров, было безвозвратно утрачено, и иероглифы оставались непонятными даже для египтян на всем протяжении Средневековья.
Утрата древней языческой культуры не означала, что Египет лишился письменности и хроник. Имперская администрация, как и повсюду в Восточной Римской империи, пользовалась греческим языком. Церковь тоже приняла видоизмененный греческий алфавит для записи устного народного языка египтян. Коптский язык стал инструментом, донесшим до нас разрастающуюся христианскую литературу и предания. Коптской стали называть и местную церковь.
Введение христианства в качестве единственной официальной религии Египта и обращение большинства населения в новую веру не означали окончания идеологической борьбы. Монофизитская схизма, вызвавшая раскол церкви в Сирии, в Египте приняла еще более яростную форму. Огромное большинство египетских епископов и монахов наотрез отказывались принимать решения Халкедонского собора 451 года, объявившего диофизитское христианство государственной религией Римской империи. Начиная с этого момента между назначенным имперскими властями патриархом Александрии и остальной египетской церковью образовался открытый и часто враждебный раскол. Оппозиция, которую теперь называют коптской церковью, избирала собственного патриарха и епископов. В маленьких городах и селениях долины Нила и в многочисленных монастырях на краю пустыни на византийских священников из Александрии смотрели как на чужаков, угнетателей и, прежде всего, еретиков. Не многие встали бы на их защиту при нападении извне.
