Однако в 1937–1938 годах была принята военная доктрина, которая не допускала ведения войны на своей территории. С 1937 по 1939 год была разрушена система подготовки партизанских кадров и ликвидирована сеть партизанских школ. Скомплектованные на случай возможной войны партизанские формирования, диверсионные и разведгруппы были расформированы. Отряды были распущены, оружие, взрывчатка, боеприпасы из тайных хранилищ изъяты, сами тайные хранилища и убежища были засыпаны землей, партизанские базы опустошены. До осени 1939 года в полосе обеспечения все мосты в случае вторжения противника были подготовлены к подрыву по команде. После этого строительство моста противник вынужден был бы начинать заново. Осенью 1939 года все мосты были разминированы, так же как и минные трубы и ниши под важными военными и промышленными объектами.
Полковник Главного разведуправления профессор И.Г. Старинов, который в предвоенное время руководил секретной школой по подготовке партизанских кадров, в своих мемуарах писал: «Надежно спрятанное в земле оружие и взрывчатые вещества ждали своего часа. Но раньше, чем пришел этот час, скрытые партизанские базы были опустошены, безусловно, с ведома и, наверное, даже по прямому приказу Сталина».
Когда стало ясно, что война неизбежна, в январе-феврале 1941 года начальником Главного разведуправления Красной армии Ф.И. Голиковым в течение месяца были проведены сборы высшего командного состава округов и армий, по окончании которых начальник пограничной разведки полковник Виноградов представил в Генеральный штаб «План мероприятий по развертыванию разведки округов и армий в военное время». На случай отступления план предусматривал создание в приграничных военных округах тайных баз с запасом оружия, боеприпасов и военного имущества иностранного образца, а также организацию резервных агентурных сетей на своей территории на глубину 100–150 километров на случай вынужденного отступления.
После сборов Голиков направил всем начальникам разведотделов приграничных округов и армий директиву «О приведении разведывательных отделов и их подразделений в мобилизационную готовность к маю 1941 года». Когда возникла необходимость, все предусмотренное было исполнено точно и в срок.
Несмотря на предвоенную ломку военной доктрины, партизанское движение и зафронтовая деятельность групп спецназначения НКВД благодаря предпринятым мерам были с самого начала Великой Отечественной войны организованы с таким размахом, что до сих пор ветераны вермахта, которые имели несчастье встретиться с партизанами, вспоминают об этом с ужасом. А вот у немцев с их хваленым порядком и организованностью, несмотря на их попытки создать «Вервольф», аналог нашего партизанского движения, ничего не вышло. Однако и в СССР не все проходило гладко. Организовать партизанскую войну можно было бы гораздо меньшей кровью, если бы не было шараханья из стороны в сторону в начале войны. Из-за некомпетентных указаний лиц, ответственных за это, партизаны и разведывательно-диверсионные группы в первый год понесли огромные, неоправданные потери, значительно снизившие эффективность их действий в тылу противника.
