Большую роль в обеспечении успешной боевой деятельности играла контрразведывательная работа, имевшая целью ограждение партизан от подрывной деятельности немецких спецслужб и проникновения вражеской агентуры в отряды. Ее проведение возлагалось на заместителей командиров по разведке или их помощников по контрразведке. В некоторых партизанских формированиях контрразведывательные органы действовали самостоятельно и организационно были выведены в самостоятельную структуру. В этом случае в бригадах создавались особые отделы, а в отрядах в штат командования вводились оперуполномоченные. Контрразведка занималась не только ограждением от проникновения немецкой агентуры, но выполняла много специальных мероприятий, к которым относились своевременное получение информации о замыслах и планах вражеских спецслужб, направленных на подрыв партизанского движения; выявление проникших в ряды партизан агентов немецких спецслужб; пресечение подрывной деятельности против партизан и т. д.
Чтобы выполнить перечисленные задачи, органы контрразведки применяли такие методы, как агентурное проникновение во вражеские спецслужбы; оперативное наблюдение за их объектами; захват официальных сотрудников, агентов и документов немецких спецслужб; оперативный поиск вражеской агентуры в партизанских подразделениях и на территории, окружавшей партизанские базы; физическое уничтожение нацистских преступников, предателей и пособников оккупантов и т. п. В целях борьбы с проникновением агентуры с января 1942 года органами госбезопасности начали создаваться оперативно-чекистские группы. Кроме борьбы с вражеской агентурой, они вели работу по выявлению провокаторов, террористов и паникеров. Подготовка групп велась центральным аппаратом НКВД, а также республиканскими и областными органами госбезопасности. Оперативно-чекистские группы выполняли ту же работу, что и особые отделы действующей армии, и приравнивались к ним в правах. Непосредственное управление их деятельностью осуществлялось управлениями НКВД и представителями ЦШПД. Партизанские командиры не имели права вмешиваться в деятельность этих групп и обязаны были предоставлять им всю необходимую помощь. Опергруппы оказывали партизанским командирам содействие в организации режимных ограничений, проводили среди партизан большую разъяснительную работу о необходимости проявления бдительности и строгого соблюдения конспирации.
В целях сковывания подрывной деятельности немецких спецслужб сотрудники органов госбезопасности принимали участие в подготовке и проведении дезинформации: доводили до немцев сведения о численности партизанских сил, во много раз превышая или занижая ее; создавали ложные базы и лагеря; имитировали подготовку нападения на те или иные объекты и т. п. Все это дезорганизовывало работу немецких спецслужб, направляло их усилия по ложному или бесперспективному пути, задерживало проведение подготовленных карательных операций, снижало результативность деятельности их разведки и контрразведки. Назначение на должность и снятие с должности работников оперативно-чекистских групп проводилось только начальниками управлений НКВД или начальниками оперативно-чекистских отделов, действовавших в партизанской зоне. В каждой оперативно-чекистской группе в составе партизанского формирования был оперативный работник, умевший пользоваться радиостанцией, знавший коды и шифры, неизвестные партизанским командирам, а иногда имевший и собственную радиостанцию с подчиненным только ему радистом.
