Наиболее боеспособными и понесшими минимальные потери оказались отряды, созданные органами НКВД. Несмотря на то что в предвоенные годы была разрушена система подготовки партизанских кадров, в НКВД остались предвоенные разработки и методики, которые для восстановления системы подготовки кадров стали использоваться с первых дней войны. Именно работники НКВД в первые дни войны оказали партийным и советским органам наиболее действенную помощь в организации партизанского движения. Они с самого начала приняли участие в подборе командных кадров отрядов, организации разведки, взаимодействия с другими отрядами, закладках баз и т. д.
Для того чтобы обеспечить эту работу, за линию фронта начали засылаться оперативные группы НКГБ и НКВД как из Москвы, так и прифронтовыми территориальными органами. Однако в связи с тяжелой обстановкой на фронтах засылка опергрупп не носила массового характера. Опергруппы НКВД-НКГБ и созданные на их базе партизанские отряды в начале войны и в последующем внесли огромный вклад в развитие диверсионной войны. С выходом в свет 18 июля 1941 года постановления ЦК ВКП(б) «Об организации борьбы в тылу германских войск» вся тяжесть по его организации легла на НКВД. Если директивы и постановления СНК и ЦК ВКП(б) по организации партизанского движения выполнены в полном объеме не были, то директивные указания НКВД, которым руководил Л.П. Берия, начали исполняться неукоснительно. С указаниями ведомства Л.П. Берии не считаться было смерти подобно. В это же время было начато восстановление спецшкол и учебных центров по подготовке партизанских специалистов при различных подразделениях органов НКГБ. Преподавателями и инструкторами спецшкол стали работники НКВД и НКГБ. Одним из крупнейших центров по подготовке специалистов стала Особая группа при НКВД, а затем Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН).
Одной из неразрешимых проблем в этот период становится обеспечение партизанских отрядов и оперативных групп НКВД средствами радиосвязи. Ею были обеспечены только около 1,5 % подразделений. Объяснялось это не только большим дефицитом радиостанций и радистов, но и «радиобоязнью» партизанских командиров, то есть опасениями быть обнаруженными немецкими радиоперехватчиками. Поэтому единственно возможным способом осуществления связи надолго стала связь через пеших курьеров, посылавшихся как действующими на зафронтовой территории партизанами и подразделениями НКВД, так и по обусловленному заранее паролю с советской территории. Передача разведданных через них была малоэффективной, так как под ударами немецких войск Красная армия постоянно отходила, и связникам приходилось догонять линию фронта. С Большой земли связник нес с собой агитационную литературу или взрывчатку. Ненадежность такого вида связи подтверждается тем, что только 5 % информации достигало адресатов. Кроме того, добытые разведданные в результате отсутствия возможности своевременной их передачи за линию фронта теряли свою актуальность. Во избежание раскрытия агентурной сети в случае поимки немцами связного курьеры-связники никогда лично не встречались с агентами. Они забирали направленные ими донесения из «почтовых ящиков», в качестве которых служили малопосещаемые тайные места в виде дупла дерева, развалин и т. п. Лишь с лета 1942 года картина кардинально изменилась. Все партизанские отряды, формировавшиеся в тылу и забрасывавшиеся через линию фронта, были снабжены радиостанциями, запасом батарей и обслуживались подготовленными радистами.
