С началом войны часть преподавателей ушла на фронт, а кафедра вместе с академией была эвакуирована из Москвы в Ташкент, что не могло не вызвать на некоторое время спад научной активности.
Вместе с тем, наряду с решением главной задачи – подготовки кадров для танковых и механизированных войск Действующей армии – личный состав кафедры совместно с другими коллективами академии вел большую военно-хозяйственную работу. В частности, в содружестве с кафедрами горючесмазочных материалов и автомобилей была решена научно-практическая задача оборонного значения по возможности использования ферганской нефти и нефтепродуктов для армии и страны. Была определена целесообразность разработки ферганского месторождения нефти и возможность применения (технология) омыляемых мазутов в качестве смазочных материалов для двигателей внутреннего сгорания танков и использования местных теплив для танков и автомобилей отечественных и зарубежных марок.
Великая Отечественная война поставила ряд новых задач и проблем во всех аспектах производства, боевого применения, организации эксплуатации и ремонта БТВТ в соответствии с характером и масштабами войны.
С целью улучшения организации эксплуатации БТВТ в январе 1943 г. в составе ГБТУ было создано Управление эксплуатации танков Красной Армии, начальником которого назначили опытнейшего и пользующегося большим авторитетом среди инженерно-технического состава генерала Ф.Ф. Печеникина, бывшего начальника кафедры эксплуатации академии.
После возвращения академии в Москву (сентябрь 1943 г.) кафедра активно включилась в решение неотложных задач, поставленных Управлением боевой подготовки (УБП) и ГБТУ.
В эти же годы была решена одна из важнейших проблем – обеспечение запуска танкового дизеля в условиях низких температур. С этой целью были разработаны и внедрены паро-сифонный и паро-динамический танковые подогреватели, одновременно созданы новые усовершенствованные образцы ПРЗС и ремонтных мастерских (ТРМ-А и ТРМ-Б).
В содружестве с кафедрой двигателей были спроектированы опытные образцы оборудования для подводного вождения танков Т-34 и проведены первые опыты по их переправе через водные преграды путем буксирования по дну. Этот способ форсирования прошел государственные испытания и был рекомендован для использования в войсках.
При участии преподавателей кафедры, выезжавших на фронтовую стажировку, были разработаны и внедрены в практику войск ряд памяток и пособий для механиков-водителей, экипажей танков и заместителей по технической части (введенных в штат в 1944 г.) по вопросам освоения, технического обслуживания, вождению и поддержанию боевой готовности БТВТ в боевых условиях.
