В годы Великой Отечественной войны кафедра вместе с академией по решению Государственного комитета обороны от 14 октября 1941 г. была эвакуирована в г. Ташкент. Располагалась она в помещении сельскохозяйственного института на улице Гоголя. В середине 1943 г. академия вернулась в Москву, а 1 сентября был начат новый учебный год. Эвакуация и отрыв от экспериментальной лабораторной базы, естественно, сказались на общей научной деятельности кафедры, которая в этот период стала носить в основном теоретический характер и заключалась только в подготовке и выпуске монографий и учебников. В эти годы коллектив кафедры, в частности, занимался проблемой повышения проходимости автомобилей. Так, Г.В. Зимелев предложил конструкцию механизма раздельного торможения колес автомобиля, что позволяло повысить безопасность движения в гололед.
В первые послевоенные годы на территории кафедры были представлены все образцы автомобильной техники периода Второй мировой войны (СССР, США, Германия и т.д.). Создана богатая материальная база для изучения конструкций колесных машин.
Значительное внимание было уделено дальнейшему совершенствованию испытательной базы кафедры. Были созданы новые уникальные стенды с беговыми барабанами, позволяющие оценивать не только тягово-скоростные и экономические (по расходу топлива) свойства машин, но и плавность хода, тормозные качества, циркуляционные явления в трансмиссиях многоосных полно-приводных машин. На стендах по испытанию шин, коробок передач, карданных сочленений (валов) слушатели получали наглядное представление о сложных динамических связях в трансмиссии колесной машины, взаимодействии движителя с дорогой. Большой вклад в это внесли инженеры и преподаватели Е.Г. Целль, ДА Антонов, Г.В. Петровский, Я.И. Филонов, техник Н.П. Иванов. Стендовые испытания в академии проходили различные модели отечественных автомобилей (ГАЗ-63, ЗИС-150, ЗИС-151, ГАЗ-56) и первые образцы бронетранспортеров (БТР-40 и БТР-152).
Для занятий по вождению бронетранспортеров и армейских автомобилей был построен автодром в учебном лагере «Сенеж». Там слушатели академии сдавали экзамены на водительские права.
В результате анализа опыта Второй мировой войны в США и в СССР был сделан вывод, что ни колесные, ни гусеничные машины не обеспечивали требуемую подвижность войск. Поэтому в условиях холодной войны в странах НАТО и Варшавского Договора велись активные работы по повышению проходимости и подвижности военных машин.
