В 1912 г. лучшая полоса в жизни И. А. Покровского, связанная с пребыванием его в Петербургском Университете, закончилась. В те годы в рамках скрытых гонений на либеральную профессуру власти решили перевести несколько видных профессоров, в частности таких, как Д. Д. Гримм и М. Я. Пергамент, в другие университеты. В число гонимых попал и либерально настроенный Иосиф Алексеевич, которому было предложено перевестись в Харьковский Университет. Сочтя себя оскорбленным, он подает в отставку.
Прожив еще одну зиму в Петербурге, преподавая римское право на Высших женских курсах и в других местах и будучи в весьма угнетенном состоянии духа, петербургский профессор принимает решение переселиться в Москву, приняв предложение Московского коммерческого института преподавать там теорию права и гражданское право на младших курсах. Там ему предстояло работать до революционных событий 1917 г. Сугубо практическая ориентированность преподавания в коммерческом институте, почти полное отсутствие там духа научного поиска и внимания к теоретическим и историческим аспектам правоведения тяготили Иосифа Алексеевича. Не приносит ему облегчения и работа в другом учебном заведении Москвы — Университете им. Шанявского, где, по его мнению, царила та же атмосфера, что и в коммерческом институте. Он находит известное отдохновение лишь в кабинетной научной работе, развивая те мысли и наработки, которые были им сделаны в предшествующий период.
Уже в 1913 г. вышла в свет его «История римского права», впоследствии переизданная в 1915, а затем в 1917 г. Эта книга стала венцом многолетних усилий И. А. Покровского в области изучения римского права и отразила состояние отечественной романистики в период ее рассвета в предреволюционные годы. В том же 1913 г. была напечатана небольшая, но весьма значимая брошюра Иосифа Алексеевича «Абстрактный и конкретный человек перед лицом гражданского права». Она показала, что автор отличается трезвым взглядом на проблемы цивилистики и считает необходимым соотносить теоретические построения с их возможной практической реализацией в реальной жизни. Московский период жизни И. А. Покровского отмечен и активной разработкой актуальных проблем гражданского права, плодом которой стала выпущенная им в 1917 г. книга «Основные проблемы гражданского права», ставшая, говоря словами автора посвященного ему некролога, «его лебединой песнью».
Крушение старого порядка в 1917 г., казалось бы, открывало профессору Покровскому возможность вернуться в Северную Пальмиру, в среду близких ему людей.
