По возвращении в Россию И. А. Покровский становится профессором Юрьевского (ныне Тартусского) университета. Здесь он общается со многими видными представителями историко — правовой науки того времени — М. А. Дьяконовым, В. Э. Грабарем и др. Преподавая римское право в Юрьеве и общаясь с коллегами, молодой ученый делает первые шаги в построении того курса лекций по римскому праву, который впоследствии, будучи не раз исправлен и дополнен им, наконец получил свое окончательное выражение в его «Истории римского права» — фундаментальном научном труде, увидевшем свет за три года до смерти ученого и имеющем как учебное, так и непреходящее научное значение.
Обретя в Юрьеве опыт преподавательской работы, Иосиф Алексеевич возвращается в Киев для окончания работы над докторской диссертацией. Эта диссертация под названием: «Право и факт в римском праве. Часть 2. Генезис преторского права» была им успешно защищена в Петербургском университете в 1902 г., после чего, имея степень доктора римского права, он переезжает в столицу Империи и занимает в Петербургском университете кафедру римского права. С 1907 г. он преподает римское право и на Высших женских курсах. В этот период в сферу интересов И. А. Покровского все больше входят вопросы не только собственно истории римского права, но его роли в развитии европейского права, проблемы рецепции наследия римской юриспруденции в современном мире. Причиной тому стал и явный интерес студенческой среды именно к актуальным вопросам развития цивилистики, и бурные дискуссии по поводу проекта Гражданского Уложения Российской Империи, и отмечавшееся в 1904 г. столетие принятия французского Кодекса Наполеона, ставшее поводом для обсуждения вопроса о значимости римского права для юриспруденции Новой Европы.
Впрочем, по воспоминаниям знавших его людей, как цивилист Иосиф Алексеевич был в этот период известен только узкому кругу людей, в основном членам ведомого им в Университете научного кружка. Для большинства остальных коллег он был прежде всего авторитетным романистом. С 1910 по 1912 г. И. А. Покровский является деканом юридического факультета Университета.
Петербургский период в жизни Иосифа Алексеевича отмечен большими научными свершениями. В 1904 г. выходит из печати его книга «Лекции по истории римского права». Впоследствии она трижды была переиздана (последний раз в 1911 г.), и при каждом переиздании автор дополнял ее все новыми и новыми результатами своей исследовательской работы. В 1909 г. увидел свет его труд «Естественно — правовые течения в истории гражданского права».
