Сразу же после возникновения секты духоборцев от нее под влиянием Семена Уклеина откололись молокане. В 30-х годах XIX века приверженцев этой секты было очень много в Тамбовской и Саратовской епархиях.
Основой ее учения является Библия в собственном истолковании, в соответствии с которым основанная Христом Церковь существовала лишь до периода Вселенских соборов IV века, когда последние неправильно истолковали Библию. Молокане хотели восстановить подлинную Церковь, покоящуюся только на Священном Писании. В учении о Троице Уклеин подчеркивал единосущность Лиц, неравных, однако, в своем Божественном достоинстве, как это значится в обрядниках молокан.
Беспокойный поиск истины вне Церкви породил и хилиастическую секту иеговистов. Они называли свое учение «сионской наукой» и себя самих «десным братством». Основателем секты был офицер-артиллерист И.С. Ильин. Основа учения Ильина – это перетолкование Троицы, в соответствии с которым Отцом назван иудейский бог богов, имеющий наряду с божественными также и человеческие черты. Значительную часть этого учения составляет критика Библии, которая якобы представляет собою «сатанинскую смесь лжи и правды». Православная церковь именуется «вавилонской блудницей» с прибавлением беспримерных ругательств. Ильин принципиально отвергает богослужения, но предписывает совместные молитвы, которые можно произносить и по отдельности в любом месте и в любое время. Культ иеговистов заключался в общественных молитвах по субботам, а также в утренних и вечерних молитвах, была у них также исповедь.
Во второй половине XIX века на русское сектантство все чаще и сильнее оказывают влияние протестантские секты. Прежде всего, среди русских сект такого типа следует назвать исключительно влиятельный штундизм или штундобаптизм, который целенаправленно распространялся во всех слоях населения.
В принятии штундизма для русского человека было много привлекательного. Воспитанный православием в сознании своей греховности, он по вступлении в секту считал себя возрожденным, оправданным, святым, вступал в другое общество, от которого можно было ждать нравственной и материальной поддержки.
Штундисты считали себя «обществом святых»; исповедь у священника и таинство покаяния в церковном смысле отвергались: каялись только перед Богом, необходимой считалась постоянная молитва; церковная иерархия отвергалась как излишняя. И все же имелись пресвитеры – руководители общин, а также учителя, или проповедники, которыми поначалу были те же пресвитеры. В ходе развития образовалась прослойка проповедников, не связанных с отдельной общиной; переходя от общины к общине, они толковали Библию как единственный источник истины, им помогали диаконы.
