В противоположность расколу хлысты скрывались и внешне подчеркивали свою принадлежность к господствующей Церкви. По распространенному преданию, секту основал крестьянин Владимирской губернии некто Данила Филиппов около 1645 года, он выдавал себя за «всевышнего Бога Саваофа» и составил 12 заповедей, которые тщательно сохранялись его последователями и передавались из поколения в поколение. Первая заповедь гласила: «Я тот Бог, который предсказан пророками, сошел на землю спасти род человеческий, другого Бога не ищите».
Это самообожествление характерно для всех сект мистического направления, резко отделяя их от «евангелических» сект. Все заповеди должны были оставаться в тайне.
Шалопуты с их рационалистическим социальным учением собственно хлыстами не являлись, как считали некоторые миссионеры, например Б. И. Айвазов. Первоначальное учение хлыстов сильно изменилось в новохлыстовщине, которую основал Е. Кожин в Кубанской области. По его учению Бог есть неличная сила, которая проявилась лично только при создании мира, а земные воплощения Христа больше не происходят. Однако особенно развилось в этой секте учение о переселении душ, которое побуждает каждого верующего через обращение к вере неверующего создать себе удобную «обитель» для следующего воплощения. Кожин учил о вечном круговороте вещей.
Под влиянием хлыстов находилась секта иоаннитов, которая образовалась из почитателей кронштадтского протоиерея Иоанна Сергиева, который сам Церкви не покидал. Сектанты считали Иоанна Кронштадтского воплощением Христа. У них были «богоматерь», пророки, «архангел Михаил» и т.д.; воплощением антихриста считался граф Лев Толстой. Иоанниты проповедовали умерщвление плоти и воздержание от мяса, отрицание брака, богослужения у них совершали апостолы. Миссионеры Церкви были убеждены, что тайно эта секта проводила радения в духе хлыстовщины.
От хлыстовщины откололась серафимовщина, которую основал в 70-х годах XIX века иеромонах Никандровского монастыря Псковской губернии Серафим. Он проповедовал близкий конец света, аскетизм и молитву, а себя называл перевоплощенным Илией. Сектанты собирались по ночам, молились и причащались, но также посещали, кроме этого, и церковные богослужения. После высылки Серафима в Соловецкий монастырь секта быстро выродилась, оказавшись под руководством бывшей монахини Елены Петровой – Еленушки, которая выдавала себя за «невесту Христову», ей воздавалось поклонение.
