В 70-х наступила череда кризисов и потеря ориентации, гитарист был вынужден продать свой лейбл, но настоящий мрак начался в 80-х. В 80-х Фэи пережил тяжелый внутренний кризис, врач-психоаналитик объяснил ему, что его одержимость смертью и черепахами — это последствия детской травмы: он был жертвой сексуального насилия со стороны собственного отца.
Джон заразился вирусом Эпштейн-Барр, вызывающим среди многого прочего такой неприятный симптом, как хроническая усталость. К середине 80-х он уже не мог шевелиться. К тому же он сильно пил. И не знал, что у него диабет.
Он был больным, слабым, одиноким и несчастным, его сознание было затуманено. С женой он развелся. Платить за квартиру он был не в состоянии, поэтому попал в больницу-приют, где на нем ставили медицинские опыты, как, впрочем, и на других пациентах. Удивительно, что и в это время он записал несколько альбомов.
Вновь открыли Джона Фэи в 1993-м: лейбл Rhino Records выпустил двойной компакт-диск с ретроспективой его музыки. Дела музыканта обстояли совсем не блестяще, он стал буквально нищим и был вынужден продать большую часть своей уникальной коллекции грампластинок. В 90-х он жил в абсолютно захламленной комнате в придорожном отеле.
Он опять начал играть на гитаре, писал книгу воспоминаний. На жизнь он зарабатывал тем, что искал старые грампластинки, которые потом перепродавал.
Фэи крайне негативно относился к своим записям 60-х и 70-х годов: «Я не думаю, что то, что я сделал в музыке, имеет какое-то значение. Сегодня меня смущает многое из того, что я делал раньше, потому что это было претенциозным и глупым. Музыка была для меня побегом, ну и способом зарабатывать деньги. Я жил в перекошенном мире, я создал для себя прекрасный и удивительный мир и притворялся, что живу в нем, но мне вовсе не было хорошо. Я был безумен и не отдавал себе в этом отчета. Я был очень несчастен, напуган и одинок. Но при этом я всем показывал свой красивый фасад».
Фэи записал, как он говорил, «возможно, сорок» альбомов. Одних только рождественских альбомов у него пять штук. Есть у него и вполне узнаваемое кантри, но есть и много чего иного, и не только музыки, близкой к кантри и блюзу, как, скажем, диксиленд или блюграсс. Многие его пассажи свидетельствуют о знакомстве с классической музыкой — от григорианских хоралов до таких композиторов, как Прокофьев и Стравинский. В пьесах Фэи можно встретить элементы фламенко, босса-новы, индийских par и забытых шлягеров. Даже в виде чистого гитарного саунда музыка Джона Фэи остается грубо-угловатой и, по существу, коллажной. И довольно жесткой, минималистичной и антивиртуозной.
