Постепенное развитие эпоса привело к его циклизации. Каждому поколению богатырей: Манасу, его сыну Семетею, внуку Сейтеку — посвящены сюжетно связанные между собой поэмы. Первая часть трилогии посвящена легендарному Манасу — центральной фигуре эпопеи. В основе ее лежат реальные события из более ранней истории кыргызов — от периода военной демократии до патриархально-феодального общества. Описываемые события происходили главным образом на территории от Енисея через Алтай, Хангай до Средней Азии. Поэтому можно сказать, что первая часть эпоса охватывает почти всю многовековую дотяньшаньскую историю народа.
Надо полагать, что первоначально эпос бытовал без циклизации, но имел трагическую концовку — в финале «Великого похода» погибают в неравном бою почти все положительные герои. Вероломный Конурбай смертельно ранит Манаса. Но слушатели не хотели мириться с таким финалом. Тогда была создана вторая, часть поэмы, посвященная описанию жизни и подвигов второго поколения героев — сына Манаса Семетея и его сподвижников, которые повторяют подвиги своих отцов и добиваются победы над иноземными захватчиками.
Исторический фон поэмы «Семетей» соответствует примерно периоду джунгарского нашествия (XVI–XVIII вв.). Действие происходит в пределах Средней Азии. Любимые герои также становятся жертвой несправедливости; однако виновниками их гибели оказываются не иноземные захватчики, а внутренние враги — предатели, узурпаторы, ставшие деспотами своего народа.
Жизнь требовала продолжения борьбы с внутренними врагами. Этому и посвящена третья часть трилогии — поэма «Сейтек». Здесь завершается восстановление справедливости и свободы. Именно в этом, в высокой благородной цели — защита родины от иноземных захватчиков и избавление народа от ига деспотов — основная идея трилогии «Манас».
Первая часть трилогии — поэма «Манас» — начинается с описания страшного народного бедствия, явившегося следствием вероломного нападения китайцев во главе с Алооке-ханом на страну кыргызов. Народ разогнан по разным странам света, разорен, разграблен, терпит всяческие унижения. В такой критический момент в семье престарелого и бездетного Джакипа, сосланного из родных мест на далекий Алтай к враждебным калмыкам, рождается необыкновенный ребенок, который растет не по годам, а по дням, наливаясь сверхъестественной силой. Быстро распространившаяся весть о появлении на свет богатыря приводит в ужас и калмыков, издевавшихся над кыргызами на Алтае, и китайцев, изгнавших кыргызов с родной земли Ала-Тоо. Чтобы расправиться с будущим грозным врагом, китайцы и калмыки предпринимают неоднократные нападения, но их успешно отбивает дружина юного Манаса, сплотившего вокруг себя верных соратников («кырк чоро» — сорок дружинников). Нашествие агрессоров вынуждает кыргызские племена объединиться вокруг богатыря Манаса, которого избирают предводителем 40-племенного кыргызского народа.
