В интригу против Филиппа был втянут также Сергей Нилус. Об этом рассказал некий француз Александр дю Шайла, многие годы проживший в России и тесно общавшийся с Нилусом в 1909 году во время их совместного пребывания в Оптиной пустыни. Известно, что дю Шайла в 1910 году поступил в Петербургскую Духовную Академию, в которой прослушал четырехлетний курс. Написал несколько исследований на французском языке по истории русской культуры, по славянским и церковным вопросам. С 1914 года дю Шайла был начальником передового перевозочного отряда при 101-й пехотной дивизии. За непосредственное участие в боях был награжден георгиевскими медалями всех 4-х степеней. С конца 1916 по август 1917 года служил в 8-м броневом автомобильном дивизионе. Затем перешел на службу в штаб 8-й армии. В 1918 году поступил на службу в штаб Донской армии. С 1919 года занимал последовательно должности штабного офицера для поручений по дипломатическим делам и начальника политической части. После эвакуации из Крыма через Константинополь в апреле 1921 года прибыл во Францию.
В газете «Последние новости» (под редакцией П. Н. Милюкова) за 12 и 13 мая 1921 года впервые поместил свою публикацию «С.А. Нилус и «Сионские протоколы».
Он рассказал, как Нилус, богатый помещик, потерял состояние во время жизни во Франции. В 1900 г. возвратившись в Россию, он начал вести жизнь вечного странника, кочуя из одного монастыря в другой. В это время Нилус написал книгу о своем обращении из интеллигента-атеиста в глубоко верующего православного мистика. Эта книга — «Великое в малом», но еще без «Протоколов» — получила благожелательные отзывы в консервативной и церковной прессе и привлекла внимание великой княгини Елизаветы Федоровны. Великая княгиня, женщина искренне верующая (впоследствии она стала монахиней), крайне подозрительно относилась к мистикам-проходимцам, которыми царь окружал себя.[19] Она винила в этом протопресвитера Янышева, который был духовником царя и царицы, и задалась целью заменить его Сергеем Нилусом, которого восприняла как истинного православного мистика.
Нилус был привезен в Царское Село, когда главной задачей великой княгини было устранить Филиппа. Противники француза разработали следующий план: предполагалось, что Нилус женится на одной из фрейлин царицы Елене Александровне Озеровой, а затем будет рукоположен. После этого его попытаются сделать духовником царя и царицы. В случае удачи Филипп, как и прочие «святые» люди, утратит свое влияние. План был хорош, но союзники Филиппа его разгадали. Они привлекли внимание духовного начальства к некоторым фактам жизни Нилуса, которые исключали рукоположение. (В основном они касались его длительной любовной связи с Натальей Афанасьевной К., с которой он уезжал во Францию и не порывал впоследствии в России.) Нилус впал в немилость и был вынужден покинуть двор. Несколько лет спустя он действительно женился на Озеровой, но надежда стать духовником царя не сбылась.
