Так как он не имел медицинского образования, врачебная практика была ему запрещена, но он продолжал заниматься этим ремеслом и трижды был судим за это. Тем не менее Филипп ухитрялся продолжать лечение. Несомненно, он обладал какими-то исключительными способностями и мог с помощью внушения добиваться удивительных результатов.
Когда царь с царицей в 1901 году посетили Францию, две «черногорские принцессы» Милиция и Анастасия, дочери князя Николая Черногорского, вышедшие замуж за русских великих князей и всеми силами желавшие очаровать императорскую чету, представили ей Филиппа. Царь, человек слабый и робкий, изнемогавший под бременем императорской власти, мечтал о каком-нибудь святом человеке, который мог бы стать посредником между ним и Богом, чьим несомненным, но малодостойным помазанником он себя ощущал. Царица отличалась неуравновешенным характером, страшилась заговоров, которые угрожали ей и ее супругу, террористов-бомбометателей; она со своей стороны также готова была довериться любому шарлатану, который мог бы рассеять ее страхи или по крайней мере хоть как-то укрепить. Кроме того, царь с царицей, хотя и имели четырех дочерей, мечтали о сыне — наследнике трона. Всякий сведущий в медицине человек, заявлявший, что может разрешить эту проблему, имел на чету огромное влияние, как позже Распутин, который вознесся, эксплуатируя их желание спасти сына, страдавшего гемофилией.
Неудивительно, что Филипп получил приглашение посетить Царское Село и был осыпан милостями. Еще находясь во Франции, царь обратился с личной просьбой к французскому правительству вручить этому неучу медицинский диплом. Во Франции это оказалось немыслимым, но в России, где царь был полновластным хозяином, он приказал Петербургской военной академии назначить Филиппа армейским врачом. Он также назначил его государственным советником в чине генерала. Но хотя Филиппа любила, боготворила и чуть ли не поклонялась ему императорская чета вместе с «черногорскими принцессами» и их мужьями, у него были и могущественные враги — на самом деле он попал в такое же двусмысленное и опасное положение, как впоследствии Распутин. Окружение двух влиятельных женщин — императрицы Марии Федоровны и великой княгини Елизаветы Федоровны — его не любило и презирало. Чтобы обезвредить Филиппа, эти люди обратились к Рачковскому.
Рачковского попросили навести справки о прошлом Филиппа. Благодаря доверительным отношениям с французской полицией он составил подробный и, несомненно, лживый доклад, который и привез с собой во время посещения Петербурга в 1902 году. Первый же человек, которому он показал этот документ, министр внутренних дел Сипягин, посоветовал бросить его в огонь. Но Рачковский упорствовал. Он отнес доклад коменданту императорского дворца и, кажется, написал даже императрице Марии Федоровне личное письмо, разоблачая Филиппа — агента масонов. Но дурные предчувствия Сипягина оправдались. Хотя царь в конце концов, уступив давлению, запретил Филиппу навсегда поселиться в России, он был вне себя от гнева. В октябре 1902 года Рачковский был отозван из Франции, на следующий год смещен со своего поста, отправлен в отставку без пенсии, с запретом возвращаться во Францию — нет никакого сомнения в том, что если это и произошло частично из-за его манипуляций с воображаемой Русской патриотической лигой, то не меньшую роль сыграла в этом его кампания против Филиппа. Даже впоследствии, когда Филипп уже навсегда вернулся во Францию, а Рачковский жил в России как частное лицо, он использовал свои связи с французской полицией для преследования неудачливого целителя. Мстительный и беспощадный, он травил виновника своего падения до тех пор, пока в конце концов не отправил его в могилу. Филиппа день и ночь преследовали шпики, почту досматривали, его самого постоянно высмеивали в печати. Не выдержав, Филипп скончался в августе 1905 года, за неделю до того, как Рачковский, вновь оказавшийся в фаворе, достиг вершины карьеры, получив назначение на пост заместителя директора департамента полиции.
