Головным разработчиком ГСН и бортовой аппаратуры в целом был определен ленинградский НИИ-49 (ныне - ЦНИИ «Гранит»), главным конструктором системы управления - Б.И. Митрофанов, которого в дальнейшем сменил ОТ. Зайцев. Создание бортовой системы управления в НИИ-49 возглавил A.M. Каменский, корабельной аппаратуры - Б.П. Михеев. После наземной стендовой отладки аппаратуру ГСН разместили для летной отработки на стареньком самолете Ли-2.
Организация В.Н. Челомея не только по ведомственной принадлежности, но и по профессиональному опыту ведущих сотрудников относилась к авиационной промышленности. В соответствии с традициями технического обслуживания пилотируемых самолетов в корпусах первых ракет конца 1950-х гг. (П-5, П-6 и П-35) было выполнено немало люков, обеспечивающих удобство проведения регламентных работ. При изготовлении конструкций наряду со сваркой использовалась и клепка. На ракете подводного старта для обеспечения герметичности пришлось отказаться как от люков, так и от заклепок. Более широко стали применять литые конструкции. Поэтому еще в 1959 г. в опытном производстве ОКБ-52 провели большие работы по расширению литейного оборудования.
С самого начала работ по «Аметисту» стало ясно, что основным вопросом станет реализация подводного старта. Поэтому соответствующие полномасштабные эксперименты начали, не дожидаясь завершения создания бортовой аппаратуры. В результате первые натурные макеты ракеты запускались не с наземной пусковой установки, а с подводного стенда.
Проблема подводного старта уже на протяжении нескольких лет преодолевалась применительно к баллистическим ракетам. Отработка полноразмерных экспериментальных баллистических ракет началась с конца 1956 г. с использованием построенного в Николаеве на заводе №444 специального несамоходного плавучего сооружения ПС («Погружающегося стенда»). Невозможно было найти для проведения экспериментальных работ более живописного места: они осуществлялись у высоких берегов Крыма, у мыса Филолнт (восточнее Балаклавы).
Поскольку требовалось также оценить воздействие набегающего водного потока при стрельбе из движущейся лодки, вслед за созданием неподвижного стенда переоборудовали вполне современную по тем временам среднюю дизельную подводную лодку пр. 61ЗС-229 в опытную по пр. В613, навесив на нее с каждого борта позади ограждения рубки по вертикальной шахте для баллистических ракет. Первый пуск экспериментальной баллистической ракеты с опытной лодки состоялся 9 июля 1957 г.
