Отцом Лукреции был Родриго Борджиа, кардинал, а затем римский папа Александр VI. Кроме Лукреции у него было еще несколько сыновей (восемь или девять), так что сей служитель церкви явно воздерживался от обета целомудрия. Матерью четверых из них, в том числе и Лукреции, была Ваноцца Катани (Катанея) – римская аристократка. Чтобы дети не считались незаконнорожденными, Александр VI выдавал свою любовницу замуж за людей почтенного возраста, и делал это трижды. Дети думали, что их родной отец Доменико д'Ариньяно, один из мужей Ваноццы, а настоящего родного отца считали дядей. Детей от Ваноццы Родриго Борджиа любил больше других своих бастардов. Они проживали в роскошном доме, где кардинал мог навещать их, в отличие от «родного» отца, который там даже не показывался. Родриго заботился об их воспитании и образовании. Хуана в возрасте шести лет он отправил в Испанию к родственникам, с перспективой получить высокий пост в испанской армии. Джованни – самому младшему и любимому сыну – Родриго подготовил высокую светскую должность в Риме. Чезаре должен был стать кардиналом, хотя последний мечтал о военной карьере. Лукреция была поздним ребенком, когда она родилась, Родриго было уже 49 лет, а Ваноцце 37. Как и братья, внешностью она пошла в мать, унаследовав от нее белоснежную кожу, зеленые глаза и золотистый цвет волос. Любой человек, видевший молодых Борджиа, находил их очень красивыми. Лукреция же имела необыкновенное изящество и грацию, которые сохранила до зрелых лет, а по-детски невинное выражение лица придавало ее ослепительной красоте неотразимое очарование. С детства и навсегда она стала разменной монетой в политических играх клана Борджиа.
Когда Лукреции еще не исполнилось и года, первый муж Ваноццы скончался, и она была срочно выдана замуж вторично. В отличие от первого, второй муж не был «фиктивным», на что рассчитывал Родриго Борджиа, и вскоре на свет появился сын Октавиано. Старшие братья Борджиа невзлюбили малыша и не скрывали этого. Мальчику постоянно доставались побои, щипки, у него отнимали лакомства. Лукреция любила малыша и не могла понять, почему ее старшие братья называют его «ублюдком» и постоянно обижают. Когда девочке было шесть лет, маленький Октавиано и его отец – второй муж Ваноццы, Джорджо ди Кроче, умерли от туберкулеза. Девочка очень переживала их смерть. Тогда-то она и узнала, кто ее настоящий отец – братья «просветили» ее, чтобы она не убивалась из-за чужих людей. Лукреция приняла это известие с радостью, но все равно продолжала горевать об умерших.
