Стена цитадели той же конструкции, что и стена, окружающая город, но она менее массивна. Со стеной цитадели сливаются торцы жилищ второго, внутреннего жилого кольца. Жилища все трапециевидные, расположены радиально, с выходом на центральную площадь, отличавшуюся сильным прокалом почвы.
К центру – к площади цитадели обращены также все осевые линии зданий, улицы и направление главных ворот.
Главный вход в город расположен на юго-западе. От него к площади вела улица. В городе было четверо ворот и от каждых из них шла радиальная улица. В домах имелось от восьми до двенадцати комнат и большое помещение с колодцем и ямными кладовыми для хранения продуктов. К последним подведены воздуховоды от прохладного колодца.
Трапециевидные жилища опирались на каркасные столбовые устои. Их глинобитные стены высотой до 3 м были облицованы досками. Вдоль стен ставились сосуды. Наружная торцовая стена той же высоты была выложена глинобитными блоками желтого цвета. Крыша жилищ была тонкая, обмазанная глиной. Водостоки из деревянных желобов размещались по кровлям, и сами кровли были обитаемы.
Колодцы, находившиеся в жилищах, имели глинобитные ложные своды и служили своеобразными холодильниками. Дно колодцев укреплялось колышками, которые оплетались плетнем. Возле колодцев располагались металлургические печи с дымоходами. Усиленная тяга воздуха для плавления металла исходила из колодца. У печей обнаружены обожженные черепа лошадей – следы жертвоприношений. В глинобитных полах жилищ встречены детские погребения.
Хотя дома не сообщались друг с другом, все жилища были покинуты организованно, а город был сожжен уходившими жителями. Археологам достались лишь случайно забытые вещи. Во всех рвах обнаружено множество полусгоревших деревянных конструкций, а в жилищах – обгоревшие столбы.
Вдоль внутреннего рва располагались металлургические и гончарные печи со следами производственной деятельности. Радиальные стены помещений служили улицами, и бывали случаи, когда нижняя улица "подныривала" под верхнюю.
В радиусе 5-6 км от Аркаима расположены три небольших поселения, относящихся к сельскохозяйственной округе города. Можно полагать, что здесь применялось лиманное орошение с помощью небольших плотин или водоподъемников.
В качестве строительных материалов использовалось 4-5 типов сырцовых кирпичей, блоков, вальков-"гуваляков" различного состава. К глине и илу примешивался то навоз, то известь, то употреблялись дерновые пласты с болотным илом. Находок немного: литейная форма серпа-струга, булавы, каменные молоты и кайла, кремневые наконечники стрел, каменный топор с проушиной, глиняные "лепешки" со злаками. Случайно обнаружена каменная скульптура: голова человека, обломок головы верблюда из гранита
