В двадцатых годах шестнадцатого века началось реформационное движение в Польше, и всякое отпадение христианина от католической церкви духовенство неизменно объясняло влиянием евреев, а переход к евангелической вере отождествляли с обращением в иудейство. Жертвой обвинения стала восьмидесятилетняя католичка Екатерина Залешовская, вдова члена Краковского магистрата, которую сожгли на костре на городском рынке в 1539 году - за склонность к иудаизму. Ее спросили на допросе, верит ли она в "сына Божия Иисуса Христа, который был зачат от Духа Святого", и Залешовская ответила на это: "Не имел Бог ни жены, ни сына, да Ему и не нужно этого, потому что сыновья нужны только тем, которые умирают, а Бог вечен, и как Он не родился, так и умереть не может". Очевидец писал: "На смерть она пошла без всякого страха", а польский летописец отметил: "Она шла на смерть, как на свадьбу".
В сороковых годах шестнадцатого века стали распространяться слухи, что, будто бы, в разных местах "люди веры христианской к закону жидовскому приступили и обрезание приняли", и что новообращенные бежали в Литву, где и нашли убежище у тамошних евреев. Под давлением церкви были посланы в Литву особые комиссары с самыми широкими полномочиями для розыска совращенных, и для евреев Литвы начался период "тяжкостей несносных". По любому доносу или подозрению комиссары врывались в еврейские дома, обыскивали и арестовывали. Евреи перестали ездить на ярмарки, опасались оставлять свои семьи без защиты, боялись попасть в пути под арест. Поначалу местные власти охотно помогали комиссарам, но вскоре захирела торговля, опустели ярмарки, евреи не в состоянии были платить налоги. Еврейская делегация отправилась к королю с просьбой, чтобы "правый не терпел за виноватого"; просили за евреев и литовские паны, которые начали терпеть убытки, и комиссарам было приказано проводить розыск в рамках законности и без излишних притеснении.
В конце шестнадцатого века проходил долгий судебный процесс, который затеяли иезуиты против еврейской общины города Львова. Они решили построить во Львове свой монастырь и забрать себе здание синагоги, и в конце концов суд постановил передать синагогу иезуитам. "Евреи были в отчаянии, - писал очевидец, - еврейки рвали на себе волосы; их квартал имел такой вид, как накануне страшного суда". Старшина общины Мордехай Нахманович с достоинством принял комиссию, ввел ее в синагогу и потребовал немедленно занести в протокол, что он все передал иезуитам. "Между тем народ со всех сторон стал прибывать в синагогу, поздравляя иезуитов с успехом, наполняя воздух криками радости, - писал летописец иезуитского ордена. - Народ зажег восковые свечи и вошел с процессией в синагогу. Толпа подошла к месту, где находился святой ковчег, и пением церковных гимнов освятила это место… Среди евреев же была тревога, скорбь, слышались вздохи и вопли, и горе их усилилось, когда они увидели над крышей синагоги крест, символ христианства".
