В течение следующих двух лет Цонкапа широко преподавал ламрим и тантру и написал «Сущность великолепного объяснения интерпретируемого и безусловного смыслов» (Drang-nges legs-bshad snying-po) о безусловном и интерпретируемом смысле принципов махаяны. Затем в 1409 году в возрасте пятидесяти двух лет он учредил великий молитвенный фестиваль Монлам (sMon-lam chen-mo) в храме Джокханг (Jo-khang) в Лхасе. Он украсил золотой короной статую Шакьямуни, показывая, что теперь это статуя самбхогакайи, а не только нирманакайи. Формы будд самбхогакайи живут до тех пор, пока все существа не освободятся от сансары, тогда как формы нирманакайи живут лишь короткое время. Это считается его третьим великим деянием. После этого ученики попросили Цонкапу меньше путешествовать, и основали для него монастырь Ганден (dGa’-ldan dGon-pa).
[См.: Краткая история монастыря Ганден.]
В монастыре Ганден Цонкапа продолжал преподавать, писать (особенно о Чакрасамваре), и делать ретриты. Он руководил строительством большого зала Гандена с огромной статуей Будды и медными трёхмерными мандалами Гухьясамаджи, Чакрасамвары и Ямантаки. Это считается его четвёртым великим деянием. Он продолжал писать и в итоге собрание его сочинений составило восемнадцать томов, наибольшее количество которых приходилось на Гухьясамаджу.
Цонкапа умер в Гандене в 1419 году в возрасте шестидесяти двух лет. После смерти он обрёл просветление, достигнув иллюзорного тела (sgyu-lus) вместо бардо. Это должно было послужить примером того, что монахам необходимо строго следовать обету безбрачия, так как для достижения просветления в течение этой жизни требуется практика с супругой, по крайней мере единожды.
Прежде чем уйти из жизни, Цонкапа отдал свою шапку и мантию Гьелцабу Дже (rGyal-tshab rJe Dar-ma rin-chen) (1364-1432), который впоследствии взошёл на трон Гандена и сохранял за собой этот пост в течение двенадцати лет. Так началась традиция держателя трона Гандена (dGa’-ldan khri-pa, Ганден трипа) – главы традиции гелуг. Следующим держателем трона был Кхедруб Дже (mKhas-grub rJe dGe-legs dpal-bzang) (1385-1438). Позже этот мастер имел пять видений Цонкапы, разъясняющего его сомнения и отвечающего на его вопросы. С тех пор традиция гелуг процветала.
Несколько ближайших учеников Цонкапы основали монастыри, чтобы продолжить его традиции и распространить его учения. Пока Цонкапа был ещё жив, Джамьянг Чодже (‘Jam-dbyangs Chos-rje bKra-shis dpal-ldan
