Опираясь на своё постижение, Цонкапа полностью пересмотрел понимание учения мадхьямаки-прасангики о пустотности и смежных разделах, которого придерживались учителя и учёные мастера его времени. В этом он был радикальным реформатором, обладавшим мужеством выйти за рамки текущих верований, в том случае, если он находил их ошибочными.
В своих реформах Цонкапа всегда строго придерживался логических и текстуальных оснований. Когда он обрёл собственное глубокое понимание значения великих индийских текстов, он не нарушил своих обязательств и близких отношений со своими учителями. Мы можем считать наших духовных учителей буддами, но превзойти их в постижениях. Ценшаб Серконг Ринпоче II объяснил это на следующем примере.
Чтобы сделать пирог, мы должны смешать множество ингредиентов: муку, масло, молоко, яйца и так далее. Показывая, как это сделать, наши учителя пекут для нас несколько очень вкусных пирогов, и мы можем с удовольствием есть их. Благодаря доброте учителей, мы теперь знаем, как сделать пирог, но это не значит, что мы не можем внести какие-либо изменения – добавить другие ингредиенты и выпекать ещё более вкусные пироги, чем те, что сделали наши учителя. Изменяя рецепт, мы не проявляем неуважение к нашим учителям. Если учителя действительно квалифицированные, они порадуются тому, что нам удалось усовершенствовать технологию и станут наслаждаться новыми пирогами с нами.
Дальнейшие великие деяния
После продолжительного обучения Цонкапа снова ушёл в ретрит – на сей раз с учителем Рендавой – и написал большую часть «Ламрима ченмо». Во время ретрита у него было видение Атиши и мастеров линии передачи ламрима, которое длилось месяц и стало ответом на многие вопросы Цонкапы. Затем он продолжил изучать шесть практик Наропы и махамудру в традиции дрикунг-кагью. После этого во время сезона дождей он искусно преподавал Винайю (‘dul-ba, правила монашеский дисциплины). Это считается его вторым великим деянием.
Закончив «Ламрим ченмо», Цонкапа решил более полно преподавать тантру. Однако сначала он написал обширные комментарии к обетам бодхисаттвы и «Пятьдесят строф об учителе» (Bla-ma lnga-bcu-pa, санскр. Гурупанчашика, «Пятьдесят строф почитания учителя»), чтобы положить их в основу практики тантры. Продолжая преподавать, он написал «Нгагрим ченмо» и много комментариев на Гухьясамаджу. Он также написал комментарии на Ямантаку и на тексты Нагарджуны по мадхьямаке.
Китайский император предложил ему стать своим наставником, но Цонкапа извинился, сказав, что он слишком стар и хотел бы остаться в ретрите.
