Две подводные лодки «Макрель» и «Окунь» остались на Балтике из-за частых забастовок рабочих. В результате испытания «Макрели» начались лишь в конце сентября 1905 г., то есть после окончания войны.
Два бензиновых двигателя мощностью по 400 л. с. позволяли развивать скорость в надводном положении до 11,5 узлов. Испытания показали, что лодка имеет малую остойчивость и перегрузку на корму. Но из-за возникшего в трюме «Макрели» пожара испытания прервали до следующего года.
В 1906 г. на «Осетре», неоднократно погружавшемся вместе с «Макрелью» у стенки Балтийского завода, установили два мотора системы «Панар» мощностью по 60 л. с. Однако достигнуть погружения без дифферента так и не удалось.
И.Г. Бубнов поднял вопрос о замене бензиновых моторов дизелями. Соседство бензиновых паров и искр «вольтовых дуг», возникавших при манипуляциях с несовершенным еще в то время электрооборудованием, создавало постоянную опасность взрыва и пожара. Так, 29 июля 1909 г. на подводной лодке «Касатка», стоявшей у борта транспорта «Ксения», в кормовой части произошел взрыв бензиновых паров. Дежурный офицер транспорта своевременно принял меры по ликвидации пожара и отбуксировке лодки от стоявших рядом судов. После пожара «Касатку» восстанавливали 20 дней.
Но бензиновые двигатели на дизели так и не заменили, а испытания продолжались еще и в 1908 г. 25 июня «Окунь» ушел в Биоркэ на окончательные официальные пробы. Скорость его на переходе под двумя бензиновыми двигателями составляла 8,2 уз., расход бензина - 151 кг, расход масла - 17,4 кг. 5 июля «Окунь» шел в надводном положении под электромотором, скорость при этом достигла 8,8 уз. Тогда же было определено и время перехода из надводного положения в боевое и из боевого в надводное - 5 мин. и 1 мин. соответственно. Под водой лодка двигалась со скоростью 5 узлов, а в одном из погружений достигла глубины около 24 м.
Приемная комиссия отметила, что прочность корпуса удовлетворительная, «слезилось» всего 5 заклепок и 3 сальника. «Окунь» был принят в казну 7 июля 1908 г., а через полмесяца была принята и «Макрель». Летом 1909 г. они вошли в учебный отряд подводного плавания.
Лишь при модернизации, произведенной в 1911 г., на «Макрели» и «Окуне» наконец установили по одному четырехтактному двигателю мощностью 120 л. с. производства завода «Людвиг Нобель».
В конце 1914 г. подводные лодки «Налим» и «Скат» прибыли по железной дороге на Черное море, а «Касатка» и «Фельдмаршал граф Шереметев» - на Балтику, где базировались на Мариенхамне (Аландские острова). В ходе боевых действий на «Налиме» и «Скате» установили по 47-мм пушке, а на «Касатке» и «Фельдмаршале графе Шереметеве» - по пулемету. 4 августа 1917 г. подводную лодку «Фельдмаршал граф Шереметев» переименовали в «Кету».
