2 ноября 1904 г. подводные лодки «Скат» и «Налим» отправили по железной дороге во Владивосток. 4 ноября за ними последовали «Касатка» и «Фельдмаршал граф Шереметев». Однако из-за перегрева осей и схода одного ската транспортера с рельсов первый эшелон задержался, и все четыре прибыли в конечный пункт назначения одновременно -12-13 декабря.
«Дельфин» был отправлен 15 октября и прибыл во Владивосток 29 октября. 14 февраля 1905 г. «Дельфин» выходил на испытания, а через неделю - уже на поиск неприятеля. 13-16 марта лодка ходила к острову Аскольд, а с 28 марта по 4 мая - по бухтам в поисках японских кораблей.
5 мая 1905 г. «Дельфин» затонул на Владивостокском рейде на глубине 14 м от взрыва паров бензина. В ходе пяти попыток подъема лодки происходили новые взрывы, и лодку приходилось вновь опускать на грунт. В конце концов, лодку подняли и окончательно отремонтировали к 8 октября 1905 г.
В четырех остальных лодках, по словам командира одной из них А.В. Платто, пришлось переделывать почти все, кроме корпуса, включая румпель, штуртросы, горизонтальные рули, электропроводку и т.д. В результате первые испытания «Касатки» начались лишь в марте 1905 г., «Скат» был готов к 3 апреля, «Фельдмаршал граф Шереметев» - к 1 мая, а «Налим» - к 7 мая. Не обошлось и без аварий. На «Налиме» 9 мая взорвался аккумулятор, а на «Фельдмаршале графе Шереметеве» повредили динамо-машину, ремонт которой затянулся на несколько дней.
Первые же плавания выявили ряд конструктивных недоработок: длительное время погружения (5-6 минут); трудность управления вертикальным рулем: на «Налиме» до 140 оборотов штурвала при перекладке руля с борта на борт; малая вертикальная устойчивость при плавании под водой. Общий же недостаток, как уже отмечалось на испытаниях «Касатки» в Кронштадте, заключался в отсутствии ограждения средних рубок. В надводном положении даже при незначительном волнении вода заливала палубу через открытый люк и попадала внутрь лодки. При закрытом же люке наблюдение велось через иллюминаторы, и обзор был крайне ограничен, особенно в тумане или ночью.
Вопрос об изготовлении рубок, служивших бы и своеобразным мостиком при надводном ходе, М.Н. Беклимишев поднял 29 ноября 1904 г., и 13 декабря Балтийский завод получил наряд на их изготовление. 5 сентября 1905 г. рубки были готовы, испытаны давлением, обшиты деревом и через десять дней отправлены во Владивосток, но установили их на лодки уже после окончания войны.
