В процессе работы с самого начала возник вопрос о замене двигателя, так как указанный в постановлении отечественный ВК-1 с центробежным компрессором имел большие поперечные размеры и при установке в фюзеляж «Сейбра», рассчитанного на двигатель с осевым компрессором, «выбивал» почти весь запас топлива. Кроме того, большинство организаций, участвовавших в изучении «Сейбра», впоследствии «забыли» вернуть на него исследуемые образцы приборов и агрегатов, в результате чего у конструкторов ОКБ-1 осталась, по-существу, «пустая консервная банка».
13 мая 1952 г. в районе, контролируемом северокорейцами, совершил вынужденную посадку «на брюхо» еще один «Сейбр», подбитый огнем зенитной артиллерии. Пилоту (им был командир 51-го истребительного авиакрыла ВВС США, один из асов Второй мировой - Уолкер Махурин) не повезло - он был пленен. А самолет (на этот раз F-86E) к июлю 1952-го был доставлен в НИИ ВВС. Узнавший об этом Кондратьев 7 июля в письме на имя министра предлагает передать самолет в ОКБ-1 с целью использования его двигателя, агрегатов и приборов, а также берется перевыполнить ранее установленный план, сокративть срок постройки до 8 месяцев и построить четыре самолета вместо трех. Из них один, как и предполагалось, для статиспытаний, а три остальные - летные: один с двигателем J47, а два других с двигателями А.И. Микулина АМ-5 с форсажной камерой. Замена двигателей мотивировалась в письме «…с точки зрения обеспечения самолету нужных летных свойств, что ранее, до предварительной проработки этого вопроса, не было выяснено…».
Руководство МАП «поддержало» Кондратьева, выйдя на Булганина с предложением о частичном изменении задания: предлагалось строить только 2 летные машины: первую с установкой на ней J47, а вторую - по-прежнему с ВК-1. Предложение об установке на самолеты двигателя АМ-5 признавалось нецелесообразным. По согласованию с Булганиным было принято компромиссное решение о продолжении работы по F-86A «с применением на этом самолете наиболее современных узлов и агрегатов с самолета Ф-86Е», на чем особо настаивал Кондратьев. Но ЦИАМ, первоначально дававший на двигатель J47-GE-13 некоторый остаточный ресурс, вскоре отказался что-либо гарантировать. Ситуация зашла в тупик.
К середине ноября был изготовлен макет самолета и комиссия, назначенная приказом министра, рассмотрела его на своем заседании (в отличие от обычной процедуры, когда проведение макетной комиссии было прерогативой заказчика в лице ВВС, этот самолет изначально создавался с исследовательскими целями и состав комиссии определялся министерством). Очевидно, именно здесь была, наконец, высказана тревога конструкторов по поводу двигателя и вскоре, 25 ноября, вышел приказ министра за № 1344, в котором предлагалось рассмотреть возможность установки на самолет, наряду с исходным J47, также и микулинского АМ-5. Давались и конкретные поручения по обеспечению выполнения задания всем смежникам. При этом предлагалось на восстанавливаемом самолете установить двигатель J47, а на копируемых (то есть строящихся вновь) машинах - отечественные двигатели АМ-5 «с дожиганием». Оборудование на всех самолеты предполагалось отечественное (по типу МиГ-15), за исключением вооружения (ставились имеющиеся в СССР американские пулеметы «Кольт-Браунинг»).
