Под передней гермокабиной находится отсек антенны РБП-4, закрытый радио прозрачным обтекателем. Сразу за ним расположена ниша передней опоры шасси, закрываемая двумя створками. Над ней установлен топливный бак №1. Через нишу осуществляется доступ к аккумуляторным батареям и переднему техническому отсеку, в котором расположены аэрофотоаппарат АФА-ЗЗМ, верхняя пушечная установка, прибор жидкого кислорода КПЖ-30 для передней гермокабины, источники переменного тока и другое оборудование. Над отсеком - контейнер спасательной лодки ЛАС-5М для передней гермокабины. Далее размещен бак №2, центроплан с топливным баком №3, а под ним - бак №4. Грузоотсек, закрываемый двумя створками, начинается сразу за центропланом и продолжается до баков №5 и №6. Под пятым баком имеется отсек для ориентирно-сигнальных бомб, также закрытый двумя створками. За баками следует задний технический отсек с нижней пушечной установкой, прибором КПЖ-30 и контейнером лодки для членов экипажа задней гермокабины, другим оборудованием. Над задней гермокабиной установлена РЛС «Аргон».
Крыло состоит из центроплана, двух первых и двух вторых отъемных частей (ОЧК). Разъем между двумя ОЧК организован по нервюре №7, к которой крепятся основные опоры шасси. По борту фюзеляжа применен симметричный профиль ЦАГИ ПР-С-10С-Э толщиной 15,7%, по нервюре №7 - профиль СР-11-12 толщиной 15% и на конце - СР-11 -12 толщиной 12%. Стреловидность по линии четвертей хорд 35*, поперечное V - минус 3'. Крыло кессонного типа, двухлонжеронное, в корневой части включает в себя каналы воздухозаборников. До нервюры №12 кессон разделен на топливные баки NsNs 7-16 в каждой консоли. Механизация крыла состоит из однощелевых выдвижных закрылков (по одной секции на каждой ОЧК) и элеронов. Выпуск и уборка закрылков осуществляется электромеханизмами МПЗ-ЗМ, состоящими из двух электродвигателей, работающих на общий приводной вал. Элероны снабжены аэродинамической компенсацией и электрически управляемыми триммерами.
Все плоскости хвостового оперения имеют симметричный профиль и стреловидность по линии четвертей хорд 42*. Все рули имеют осевую компенсацию и снабжены триммерами с электроприводом. Триммер руля высоты, кроме того, снабжен тросовым управлением. Концевой обтекатель киля - деревянный,
К взлетно-посадочным устройствам Ту-16 относятся шасси, включая хвостовую предохранительную опору, и парашютно-тормозная система ПТ-16. Все опоры шасси оборудованы азотно-масляной амортизацией. На передней установлены два спаренных нетормозных колеса типоразмера 900x275В. Они могут поворачиваться в обе стороны на угол до 40'. На основных опорах применяются следующие типы колес: КТ-16, КТ-16/2, КТ-16/2М, КТ-16/2У, КТ-16/2Д, все типоразмера! 100x330В, Все четыре опоры в полете убираются назад по полету. Уборка и выпуск хвостовой опоры выполняются электромеханизмом.
