Поскольку ракетоносцами оснащались полки, ранее освоившие бомбардировочно-торпедные варианты Ту-16, их летный состав уже хорошо владел самолетом и особых трудностей поэтому не испытывал. От летчиков требовался лишь учет некоторых особенностей новой машины: увеличенная посадочная скорость из-за неполного выпуска закрылков, немного непривычное положение штурвала в случае подвески одной крылатой ракеты, необходимость работать им чуть-чуть энергичнее, вовремя устраняя кренение в сторону ракеты на взлете и посадке.
Боевая учеба шла чрезвычайно интенсивно, и количество пусков в одном полку за год могло достигать нескольких десятков. При этом в большинстве случаев запускали не сами ракеты, а пилотируемые самолеты-дублеры СДК-5 и СДК-7 (на базе МиГ-15 и МиГ-17). Эти машины использовались для отработки первого участка полета ракеты, когда управление ею осуществлялось с борта носителя. Дублеры сводились в отдельные авиаотряды, приданные дивизиям. Так, в 5-й МТАД - самом мощном соединении ВВС Северного флота, был сформирован 49-й опытно-испытательный авиационный отряд особого назначения под командованием к-на В.И.Лося, в котором имелось всего два СДК-5, два обычных МиГ-17 и одна «спарка» МиГ-15УТИ, На пилотов немногочисленных дублеров ложилась особенно большая нагрузка, причем не только физическая, но и нервная. Ведь обычно рядом с ними летел истребитель, у которого был приказ расстрелять СДК, если его пилот вздумает перелететь к врагу - от полигона до границ «супостата» было рукой подать. Часто сопровождались и сами ракеты - считалось, что, если они попадут к врагу при неудачном пуске, тот сможет найти эффективное средство противодействия.
Пуски часто наблюдались натовскими самолетами и кораблями радиоразведки, записывавшими частоты работы РЛС Ту-16. Вскоре у северных и тихоокеанских полигонов начали появляться и вражеские постановщики помех. Впрочем, их работа не только мешала - она же приближала обстановку к боевой. Это был своего рода положительный момент, но для зачетных стрельб, чтобы не снижать показатели боевой и политической подготовки, все же использовались более спокойные внутренние полигоны на Черном море и Каспии.
В конце пятидесятых экипажи 5-го МТАП впервые выполнили залповые пуски двух ракет с одного носителя. А вскоре началось повсеместное освоение группового применения ракетного оружия, в том числе «звездные» (с разных направлений) удары по движущимся целям. Изменения в тактике дали новый толчок совершенствованию материальной части. В 1961 г. начались поставки помехоустойчивых блоков к РЛС ракеты, применение которых позволило добиться надежного наведения даже при пуске ракет колонной самолетов, когда взаимные помехи были максимальными. Дальность «Кометы» была увеличена до 130 км, а вероятность попадания в движущуюся цель типа крейсер достигла 60-70% в условиях применения средств РЭП. В дальнейшем был освоен низковысотный пуск (с высоты 2000 м), что позволило отодвинуть границу обнаружения ракетоносца радарами корабля. В целом система «Комета» оказалась чрезвычайно удачной. Она состояла на вооружении более 10 лет, причем у американцев тогда ничего подобного еще не было.
