В Вальядолиде Колумбу, казалось, удалось вернуть расположение монархов. Хотя золота он привез не столько, сколько ожидали, все же украшения индейцев, к которым он добавил немало самородков, произвели необходимое впечатление. На предложение адмирала направить новые корабли на Эспаньолу было дано согласие, которое, как и при организации первой экспедиции, было далеко не сразу подкреплено практическими шагами. Кроме того, католические короли не собирались выполнять свои старые обязательства перед Колумбом и рассматривать его как единственного руководителя в колониях Нового Света. Без его ведома и вопреки его полномочиям на контроль над Вест-Индией туда были направлены другие экспедиции, о чем Колумб смог узнать позднее. От участия в доходах этих экспедиций он, разумеется, отстранялся.
Подготовка собственной, третьей экспедиции Колумба началась в апреле 1497 г. и затянулась более чем на год. Адмиралу дали не восемь кораблей, как он просил, а шесть. Экспедицию задерживали трудности при наборе экипажей. После того как из Нового Света вернулись больные и изможденные спутники Колумба, было мало энтузиастов, решавшихся добровольно идти по их следам. Приходилось вновь, как в Палосе в 1492 г., частично набирать преступников.
Но дело было, главным образом, не в этом. Снаряжение экспедиции поручили Фонсеке, который не спешил, ссылался на нехватку средств, на то, что деньги придется занимать, возможно, из приданного старшей дочери католических королей, выданной за португальского Мануэла. Фонсека охотно отложил бы экспедицию, если бы не беспокойство, которое вызывала при дворе португальская конкуренция. Было известно, что в середине 1497 г. в Индию вышла флотилия Васко да Гамы. Колумб понимал, что Фердинанд и Изабелла оглядывались на Лиссабон, и не упускал случая напомнить, что португальский двор имеет сведения о каких-то обширных землях к югу от Вест-Индии. Впрочем, и без того Изабелла вновь стала считать, что Колумбу следует поручить экспедицию, когда он верно предсказал дату прибытия из Фландрии австрийской невесты ее сына. Невеста запаздывала к жениху, и никто кроме адмирала, знатока морского дела, не смог сказать, когда вернутся посланные за ней корабли.
Колумб вышел с шестью кораблями из устья Гвадалквивира в открытый океан в конце мая 1498 г. Прежде всего корабли направились к португальской Мадейре, где взяли на борт припасы, затем — к Канарским островам. Удача сопутствовала адмиралу, так как удалось уйти от французских корсаров, охотившихся за испанцами со времени начала итальянских войн. У Канар адмирал разделил свои корабли: три из них с грузами для вест-индских колонистов взяли курс на Антилы, три других под его командованием продолжили путь на юг до островов Зеленого Мыса.
