2-я армия, находившаяся под его командованием, должна была в кампанию 1770 года овладеть Бендерами. В отличие от Румянцева, генерал Панин был лишен дара принимать смелые и оригинальные решения, ошеломлять противника дерзкой и стремительной атакой. Однако он был знающим и опытным полководцем, действовавшим хотя и неторопливо, но основательно. Из Петербурга от него требовали скорейшего взятия крепости, Панин же медлил, не желая рисковать. Бендеры были хорошо укреплены, их гарнизон многочислен, в то время как у Панина едва хватало войск, чтобы держать правильную осаду. Только в середине сентября, все подготовив и обдумав, Панин решился на штурм.
15 сентября под стены города была подведена огромная мина, заряженная 400 пудами пороха. В 10 часов вечера прогремел взрыв. Стена рухнула, и войска двинулись на штурм. Бой был тяжелым и долгим. Турки защищались отчаянно. Видя, что русских не остановить, они начали поджигать дома. Весь город был охвачен пожаром. Лишь утром 16 сентября остатки гарнизона сдались победителю. Бендеры были взяты.
С точки зрения военной науки генерал Панин действовал правильно и добился очень многого. К началу осады в городе было под ружьем 30 тысяч человек, осаждавших же - только 25 тысяч. Но, даже несмотря на численное превосходство противника, Панин одержал победу, взяв одну из сильнейших турецких крепостей. Однако Екатерина, когда узнала об этом успехе, отреагировала очень сдержанно, послав Петру Панину только орден св. Георгия первой степени и весьма сухой поздравительный рескрипт. С одной стороны, она была недовольна медлительностью командующего 2-й армией. С другой стороны, императрице хотелось особо выделить воинскую доблесть Алексея Орлова, и поэтому она старалась сделать так, чтобы никто, за исключением разве что Румянцева, не мог с ним в этом отношении соперничать.
Генерал Панин обиделся. Его заслуги и старания не были оценены. Лично ему эта военная кампания стоила огромных сил. Панин уже несколько лет страдал сильными "подагрическими припадками", в то время как командование армией вынуждало его по двенадцать часов в сутки проводить в седле. В довершение ко всему императрица оставила без внимания просьбу Панина о награждении его подчиненных. Тут генерал обиделся уже не только за себя, но и за своих соратников. Он попросил отставки и был отпущен.
Оказавшись не у дел, Петр Панин поселился в Москве. Первопрестольная всегда находилась в оппозиции Петербургу, а в лице Панина эта оппозиция приобрела влиятельного сторонника. Генерал и прежде предпочитал говорить то, что думал, теперь же его прямота, помноженная на обиду, привела к печальным последствиям. О том, что происходило в стране, Панин высказывался весьма критически. В Москве его уважали, в армии любили, поэтому его мнения быстро получали огласку. Доходили они и до Екатерины, разумеется, в искаженном виде. Вскоре на Панина стали поступать и доносы. Утверждали, например, что организатором народного бунта в Москве во время чумы якобы был не кто иной, как Петр Панин. Кончилось все тем, что Екатерина назвала его "дерзким болтуном", "себе персональным оскорбителем" и приказала московскому главнокомандующему учредить за ним тайный надзор. Естественно, вся эта история не могла не отразиться и на положении Никиты Панина. Так в отношении между императрицей и ее "министром иностранных дел" появилась трещина, которая со временем лишь углублялась.
