Один израильский торпедный катер сигнализировал «Либерти», спрашивая, нуждается ли он в помощи. Ответ был, судя по всему, короткий. Благодаря мужеству и сноровке экипажа пожар на «Либерти» был потушен в течение получаса и судно смогло, несмотря на крен в 30ь, отплыть на север со скоростью 10 узлов.
Было много и неудачных попыток дать объяснение этому событию. В частности, утверждали, что, считая подслушивание разговоров в этой части света своей монополией, израильтяне были возмущены американским вторжением; согласно другому мнению, израильтяне предприняли эту атаку по просьбе ЦРУ, стремившегося доказать необоснованность распространяемых египтянами сообщений о сговоре между Израилем и Соединенными Штатами. Но так или иначе, никому не удалось опровергнуть объяснение, которое было дано израильтянами и принято американцами, что просто произошла крупная ошибка. Командование авиацией возложило вину на флот, который, по его утверждению, был ответствен за неопознание судна. Морская разведка сперва сообщила, будто это египетское судно, затем признала судно советским, затем снова египетским и, наконец, сообщила, что это «несомненно военное судно, которое чертовски близко». За три дня до инцидента израильское правительство запросило американцев о том, какие суда США будут находиться в районе в течение недели, но не получило ответа. По утверждению одного израильского морского офицера, на «Либерти» к моменту атаки не был поднят флаг. «На его палубе не было видно ни души, словно корабль-призрак, он казался безлюдным». Согласно заявлению комиссии морского министерства США, сделанному после недельного расследования, «американское судно „Либерти“ находилось в международных водах и было снабжено принятыми опознавательными знаками», в частности, звездно-полосатый флаг размером 5х8 футов развевался на его гафеле.
Возможно, поспешность, с какой реагировали израильтяне, объясняется тем обстоятельством, что в начале того дня радиолокационная установка одного из израильских разведывательных самолетов, несших патрульную службу над Средиземным морем, зафиксировала большое количество пятен, надвигавшихся на Израиль с запада, что могло быть истолковано как переход египетских ВМС в генеральное наступление. Учитывая, что средиземноморский флот египтян сохранил свою боевую мощь, несмотря на вылазки в Порт-Саид и Александрию, предпринятые израильтянами ночью 5 июня, их тревога вполне понятна. Впоследствии было установлено, что пятна на экране израильского радиолокатора были вызваны облакообразованием, необычным для этого района.
