Слово вице-губернатор не сдержал. Началась расправа. Избиения, допросы. Котовского перевезли в специальную камеру, которая у тюремщиков именовалась «железной». Расположена она была в «Больничной» башне на высоте шестиэтажного дома. К этой одиночной камере тюремное начальство приставило постоянного надзирателя, а во дворе, у башни, выставило дополнительный пост…
«Одиночный режим… с прогулкой 15 минут в сутки и полной изоляцией от живого мира. На моих глазах, - писал Г.И. Котовский, - люди от этого режима гибли десятками, и только… решение во что бы то ни стало быть на свободе, жажда борьбы, ежедневная тренировка в виде гимнастики спасли меня от гибели».
31 августа 1906 года во все концы царской империи полетела секретная телеграмма, в которой сообщалось, что из кишиневской тюрьмы бежал опасный политический преступник Григорий Иванович Котовский. Строжайше предписывалось установить самое бдительное наблюдение, а в случае появления бежавшего немедленно арестовать и препроводить под усиленным конвоем в кишиневскую тюрьму.
Сам Котовский не оставил рассказа о побеге, его соучастники, а без них, конечно, он не мог обойтись, тоже не стремились к саморекламе. В телеграмме от 4 сентября 1906 года губернатор официально сообщил, что побег произошел при следующих обстоятельствах: Котовский проник в коридор из своей камеры, сломав скобы у двери, а из коридора выбрался на чердак башни и оттуда по веревке через окно спустился во внутренний двор тюрьмы. Из второго двора Котовский прошел через ворота, у которых был расположен пост надзирателей, во двор мастерских, откуда при помощи доски, приставленной к ограде, перелез через нее на улицу.
Жандармерия и полиция, шпики и провокаторы подняты на ноги. В Кишиневе, Киеве, Одессе, Унгенах, Могилеве-Подольском - везде велся активный поиск. У домов сестер Котовского выставлены секреты.
Летели телеграммы с грифами «Секретно», «Экстренно», «Циркулярно». Шли ответные рапорты. В одном даже утверждалось, что Котовский в сентябре ночью перебежал через русско-австрийскую границу.
Страницы газет пестрели фантастическими рассказами о неуловимом «атамане», Котовский же находился в Кишиневе в доме № 20 по улице Гончарной у Михаила Ивановича Романова.
Следствие о побеге Котовского поручили вести приставу 2-го участка Хаджи-Коли, человеку хитрому и умному, хорошо знающему свое дело. Ему удалось подкупить эсера Еремчия, и тот поначалу указал лишь район (большего он пока не знал), где скрывался Котовский. После получения таких данных Хаджи-Коли большую часть времени стал проводить в том районе города. И они встретились. Совершенно неожиданно, на Тиобашевской улице.
