Полиция, жандармерия и армейские подразделения, выделенные для борьбы с выступлениями трудящихся, делали все возможное, чтобы подавить революцию. Министр внутренних дел П.Н. Дурново в январе 1906 года требует от генерал-губернаторов истреблять мятежников и сжигать их дома при сопротивлении, силою оружия выбивать у крестьян убеждение, что земля принадлежит им…
Упорно обороняясь, революция шла на убыль. И именно в этот период был арестован Котовский. Предал его Зильберг. Выгодно для себя предал. Зная одну из конспиративных квартир партизанского отряда (на улице Куприяновской, в доме 9), Зильберг долго держал ее под постоянным наблюдением. И вот 18 февраля 1906 года Котовский появился в этой квартире. Дом тут же оцепили, но ворваться побоялись. Ждали, когда Котовский выйдет на улицу.
Не подозревая измены, Котовский собирался в лес, к своему отряду. Он натянул ботфорты, надел мягкую куртку, шляпу и вышел на крыльцо. Тут его и схватили.
Сопротивляться было бесполезно. Вмиг с ним бы расправились. Это сразу понял Котовский. Сказал только с сожалением:
- Разрушен теперь весь мой план.
Полицейские перевернули в доме все, но, увы, улик в их руках оказалось весьма немного: денег 4 рубля 25 копеек, свисток, маска и записная книжка.
В тот же день в доме на Киевской улице были арестованы и закованы в кандалы Прокопий Демянишин и Игнатий Пушкарев, а через несколько дней задержали и других членов отряда. Арестовали и хозяев конспиративных квартир отряда Ирину Бессараб и Акулину Жосаи.
Зильберг получил солидное вознаграждение - 1000 рублей.
Котовский вновь в тюрьме. Она, с высокими сторожевыми башнями и узкими, в виде креста, окнами, напоминала средневековый замок, и только колючая проволока, которой были густо опутаны тюремные стены, нарушала это сходство. Теперь двойные железные ворота захлопнулись не на месяц, как в первый его арест, а на многие месяцы. Но не испытывал Котовский отчаяния. Он вовсе не собирался ждать решения суда и терпеть произвол тюремной администрации. Уже в апреле он пытается установить связь с оставшимися на свободе товарищами. Записку, однако, перехватили стражники. Но это не остановило его. Он продолжает готовиться к побегу, и не один, а вместе с другими политическими заключенными.
В середине апреля комратцы (так называли в кишиневской тюрьме организаторов Комратской республики. В 1905 году содержалось их здесь более шестидесяти человек) объявили голодовку, Заключенные выступили против избиений на допросах, против унижений й оскорблений. Комратцев поддержали политические, а затем под влиянием Котовского и многие уголовники.
