Фальсификация указанных выше дел повлекла за собой такую массу лжи, измышлений, подлогов и грубейших нарушений законности, что даже и теперь, спустя более шестидесяти лет после этой трагедии, когда читаешь эти дела, не видишь ясности по целому ряду обстоятельств. Поэтому и неудивительно, что продолжают бытовать самые различные версии этих трагических событий.
Еще во время следствия по делу об убийстве С. М. Кирова в Ленинграде были привлечены к уголовной ответственности и осуждены к различным срокам заключения или высылке в отдаленные районы 77 человек из так называемой контрреволюционной зиновьевской группы, которых не удалось связать непосредственно с убийством. Всего за 2,5 месяца после убийства в Ленинграде и области арестовали 843 человека, за весь 1935 год — 26 515, а в последующие три года — еще 64 248 человек.
В марте 1935 года были осуждены Военной коллегией Верховного суда СССР и расстреляны жена Николаева М. П. Драуле, ее сестра О. П. Драуле с мужем Р. М. Кулашер, брат П. В. Николаев, репрессирована сестра Е. В. Рогачева.
В орбиту репрессий вскоре были втянуты и лица, занимавшиеся расследованием дела об убийстве С. М. Кирова, в том числе нарком внутренних дел Ягода, его заместители Агранов и Прокофьев и многие другие, которых теперь уже обвинили как соучастников в убийстве Кирова, а также в устранении «важного свидетеля» Борисова (охранник С. М. Кирова, трагически погибший в автомобильной аварии 2 декабря 1934 года).
После смерти И. В. Сталина обстоятельства убийства С. М. Кирова неоднократно проверялись высокими комиссиями. Всего в разные годы были организованы четыре правительственные комиссии, работавшие под руководством высоких партийных функционеров.
Первой комиссией руководил Молотов, второй и третьей — Шверник, четвертой — Пельше. Все они пришли к различным выводам. Первая комиссия (работавшая в 1956—1957 годах), третья (в 1961 году) и четвертая (в 1963-1967 годах) констатировали, что в убийстве Кирова виновен лишь один Николаев и что он не был связан ни с троцкистской, ни с зиновьевской оппозицией. Вторая комиссия (1960 год) пришла к выводу, что убийство было организовано и осуществлено НКВД по заданию Сталина.
В 1988 году Прокуратура Союза ССР, в очередной раз тщательно изучив уголовное дело и все другие материалы, признала, что Николаев совершил убийство один и что остальные лица, привлеченные по этому делу, осуждены незаконно. Однако руководитель комиссии Политбюро ЦК КПСС по изучению материалов, связанных с репрессиями в период 30-х—50-х годов, с таким выводом не согласился. Тогда Прокуратура Союза совместно с КГБ СССР возвратилась к этому делу. В 1990 году в комиссию Политбюро ЦК КПСС была представлена подробная справка о том, что никакой контрреволюционной террористической организации под названием «Ленинградский центр» не существовало, а убийство С. М. Кирова совершил Николаев. В материалах не было обнаружено каких-либо данных, свидетельствующих о причастности Сталина и работников НКВД к этому преступлению.
