Руководство осуществлялось коллегиально — Исполнительным комитетом. В 1969 руководство состояло из 50 человек, рядовых членов — до 1000. По стратегическим вопросам к обсуждению привлекались и рядовые члены. В деятельности организации поддерживалась строжайшая секретность — члены организации могли знать только то, что было непосредственно необходимо для выполнения заданий. Прием в организацию осуществлялся с санкции Исполнительного комитета. К вновь вступающим предъявлялись строгие моральные требования: воля, дисциплинированность, достоинство. МЛН соблюдало строгую конспирацию, структура гарантировала максимум эффективности и безопасности, обеспечивая контакт с народом: «Такая структура позволяла действовать всем одновременно и независимо. Когда репрессии обрушивались на одних из них, они не затрагивали других. Репрессии могут коснуться нескольких отрядов, но пока существует хоть один из них, организация продолжает действовать. Тем временем отряды, подвергшиеся репрессиям, восстанавливают свои силы». Боевые группы (коммандос) состояли из 20 и более человек. Низшее звено — ячейка — 3–5 человек. С вышестоящим руководством связь имел только командир ячейки. В сельской местности действовали крупные формирования — колонны. Группы обладали самостоятельностью в налаживании контактов с другими организациями. МЛН не отрицало легальных форм борьбы, придерживалось идеологии социализма. Вооруженная борьба была направлена против буржуазии и аппарата. Основные задачи революции: аграрная реформа, национализация банков и иностранных предприятий, социальные реформы. В 1970 лидеры МЛН заявили: «Тупамарос считают себя политической вооруженной организацией студентов, рабочих, служащих, сельскохозяйственных рабочих, интеллигенции, наконец, всех социально эксплуатируемых. Из этих слоев мы рекрутируем борцов, в них мы черпаем поддержку, за их интересы мы боремся». В прямом действии виделась не самоцель, но фактор, пробуждающий революционную активность народа: «Революционные действия сами по себе… порождают революционное сознание, организацию и революционные условия… Они являются основным фактором, ускоряющим созревание революционной ситуации». Тупамарос предполагало вооруженными действиями развить революционное сознание народа (массы «политизировались, но не дозрели до осознания необходимости вооруженного восстания, импульсом дальнейшей политизации должна послужить городская герилья»), революционизировать профсоюзы, создать материальную базу борьбы, связаться с революционными движениями континента, создать революционные вооруженные силы.
