С переходом Красной Армии к широким наступательным действиям и в связи с тем, что авиация противника действовала в прифронтовых тылах и в глубине страны, появилась необходимость приблизить органы управления к войскам.
Учитывая это, Государственный Комитет Обороны издал Постановление № 3660сс9 от 29.06.1943 г. «О мерах по улучшению управления частями ПВО».
Суть постановления состояла в создании двух фронтов ПВО: Западного — со штабом в г. Москве (командующий генерал-лейтенант М. С. Громадин) и Восточного — со штабом в г. Куйбышеве (командующий генерал-лейтенант Г. С. Зашихин).
Этим же постановлением Московский фронт ПВО был преобразован в особую Московскую армию ПВО (командующий генерал-лейтенант артиллерии Д. А. Журавлев).
Авиация фронта была сведена в 1-ю воздушную истребительную армию ПВО (командующий генерал-майор Борман).
Дальневосточная, Забайкальская и Среднеазиатская зоны ПВО передавались в подчинение военным советам соответствующих фронтов и округов, а Ленинградская армия ПВО и Ладожский дивизионный район ПВО оставались в подчинении Военного совета Ленинградского фронта.
Однако вскоре Главное управление командующего войсками ПВО было расформировано. Контроль за действиями войск ПВО, а также укомплектование войск рядовым и начсоставом, боевой техникой и вооружением возлагался на командующего артиллерией маршала артиллерии Н. Н. Воронова, при котором были сформированы Центральный штаб ПВО, Центральный штаб ИА ПВО, управление боевой подготовки, Главная инспекция ВПВО и центральный пост ВНОС.
Это был шаг назад, так как, во-первых, нарушался принцип централизованного управления войсками и, во-вторых, Восточный фронт был практически бездействующим, особенно когда Красная Армия стала успешно продвигаться на запад. В-третьих, у командующего артиллерией Н. Н. Воронова хватало дел и по своим прямым обязанностям, к тому же он работал в составе группы представителя Ставки (или самостоятельно был представителем Ставки ВГК). Ему было невозможно и руководить еще войсками ПВО. Примером того были трагические дни 22 и 23 июня 1941 г., когда он, находясь в Генштабе, ни разу не связался с командующими западных зон ПВО, не отдал ни одной команды и не получил докладов о положении дел от своих подчиненных.
В третьем периоде войны основные усилия войск ПВО направлялись на прикрытие от ударов с воздуха крупных центров страны, коммуникаций и объектов над освобождаемой территорией. На противовоздушную оборону Киева, в частности, были поставлены 7 КПВО и 9 ИАК ПВО.
