15 мая 1591 года в Угличе погиб царевич Дмитрий. Согласно одной версии, он был убит по негласному приказу Бориса. По другой - царевич в припадке эпилепсии упал на ножик-свайку, которым играл во дворе. Ходили слухи, что Дмитрий был своевременно подменен другим ребенком, который и погиб в Угличе, а истинный царевич вырос при дворе Романовых, бежал в Литву и явился затем метить Годунову…
Было ли преступление и свершилось ли оно с ведома Бориса - мы уже никогда не узнаем. Некоторые справедливо указывают на то, что Шуйским и Романовым смерть в Угличе была на руку не меньше, чем Годунову. Борис не мог рассчитывать на то, что убийство Дмитрия автоматически принесет ему царский венец, особенно после того, как у царя Федора родилась дочь. Да и Шуйские с Романовыми имели не меньше шансов сесть на царский престол.
Все это так, однако, если для Романовых или Шуйских смерть Дмитрия означала возможность получить доступ к высшей власти, то для клана Годуновых это был вопрос жизни и смерти. К этому времени они вознеслись так высоко, что при воцарении Дмитрия новое правительство разделалось бы с Борисом в считанные часы. Австрийский посол Варкоч докладывал своему правительству: "Случись что с великим князем (т.е. с царем Федором - авт.), против Бориса вновь поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся". По выражению Ключевского, Борису приходилось бить, чтобы не быть побитым.
Вопреки расхожему представлению, что ца-ревич Дмитрий Углический был последним препятствием властолюбию Годунова, в середине 80-х годов XVI столетия существовали еще два законных претендента на русский престол: племянница Грозного, ливонская королева-вдова Мария и ее маленькая дочка, царевна Евдокия. Еще в 1586 году Борис поручил близкому к нему авантюристу и английскому агенту Дж. Горсею вести с Полыней переговоры о выдачи их на Русь. Горсей великолепно выполняет свое задание: льстит, лжет, сыплет золотом, намекает на особые отношения с Марией и, наконец, до-бивается их возвращения в Россию. Здесь их сначала с почетом принимают, но вскоре Борис, даже не поставив в известность царя Федора, отправляет королеву вместе с дочерью в монастырь. Монахиня Мария стала не опасна Годунову, но маленькую Евдокию еще нельзя было постричь: несчастная девочка умирает и Годунова винят в ее смерти.
Тогда же Борис совершает неслыханное дотоле дело: уничтожает завещание Грозного царя, которое определяло статус царевича Дмитрия, как наследника престола. Одно-временно с исчезновением завещания умирает единственный человек, который мог бы восстановить его текст - переписчик завещания и бывший личный секретарь Иоанна IV, дьяк Савва Фролов. Он скоропостижно скончался при невыясненных обстоятельствах. Примерно в это же время Годунов разослал указ, запрещающий упоминать на богослужении имя Дмитрия на том основании, что он, якобы, рожден в шестом браке, незаконном по церковным канонам.
