В ноябре 1581 г. погиб царевич Иван. Рас-сказ о том, как Грозный царь убил своего сына, давно стал хрестоматийной историей. Однако, современные исследователи уже не столь уверены в причинах смерти царевича. Р. Г. Скрынников пишет, что наряду с побоями, здоровье Ивана пострадало от нервного потрясения. Знаток русской истории митрополит Иоанн Ладожский вообще утверждал, что смерть царевича была естественной. Об этом же упоминают и некоторые современники события, например, служивший в охране Бориса Годунова наемник Яков (Жак) Маржерет. Существует версия и об отравлении царевича, и это не удивительно, если учесть, что он умер не сразу, а болел около двух недель. Как бы то ни было, смерть наследника престола оказалась исключительно выгодной клану Годуновых. Более того, народная молва обвинила их в смерти царевича. Источником для этих слухов послужила перемена в отношениях между Грозным и Борисом: царь стал все чаще проявлять к недавнему любимцу недоверие и неприязнь.
Еще при жизни старшего сына Грозный выделил младшему огромный удел, превосходящий по размеру любое европейское государство. Заботу о благочестивом Федоре, ко-торого подданные считали блаженным (существовала икона царя Феодора, его имя входило в XVII в. в святцы), царь поручил Годуновым. Работа была почетная и несложная, оставлявшая много времени для совершенствования тактики придворных интриг. К тому же, Годуновы сдружились с Федором и приобрели на него огромное влияние. Пока был жив царевич Иван, Грозного это вполне устраивало. Смерть старшего сына все изменила. Федор оставался единственным наследником (царевич Дмитрий еще не родился) и близкие ему Годуновы слишком усилились. У Федора и Ирины не было детей, да и здоровье нового наследника внушало опасения. Это грозило пресечением династии Ивана Калиты. В таких обстоятельствах Грозный потребовал от сына развода и заключения Ирины Годуновой в монастырь. Но Федор, не желая нарушать церковных установлений, запрещающих развод, воспротивился воле отца. Стоит ли говорить, что и Годуновы всеми силами старались не допустить удаления царевны Ирины. Это вызвало гнев царя, но, вопреки приписываемой ему жестокости, привело лишь к еще большему охлаждению между Иоанном и Борисом. Царь заменил Годунова другим любимцем - Богданом Бельским.
Позиции Бориса поколебало не удаление от трона, а рождение у царя еще одного сына - царевича Дмитрия. Через полгода Грозный слег от "горячки". В течение десяти дней положение царя то улучшалось, то ухудшалось, пока не наступила странная смерть во время шахматной партии… в присутствии Бориса Годунова. Англичанин Д. Горсей, очевидец событий, писал, что царь был удушен. Народ приписал смерть Иоанна Грозного отраве, положенной в лекарство рукой то ли Годунова, то ли Бельского, которые совместно подхватили выпавшую из царских рук власть. В сопровождении неожиданно появившейся свиты и охраны, такой многочисленной, что, по словам Горсея, странно было это видеть, Борис и Бельский привели к присяге знать, опечатали казну, расставили на кремлевских стенах верные им отряды. Уже через шесть часов все было в их руках.
