Айнзатцкоманда 5. Органом последовательно руководили оберфюрер СС Шульц Эрвин (1941) и штурмбанфюрер СС Майер Август (1941–1942).
Командой уничтожено свыше 46 тыс. человек.
Айнзатцкоманда 6. Действовала в тыловых районах немецкой армии. Начальниками команды последовательно были штурмбанфюреры СС доктор Крогер Эрхард (1941), Мор Роберт (1941–1942), Биберштейн Эрнст (1942), Зур Ф. (1942–1943).
В ноябре 1941 г. команда размещалась в Днепропетровске, с декабря 1941 до лета 1942 г. — в Сталине. В июле-августе 1942 г. оперировала в Таганроге, откуда выбыла в Ростов-на-Дону, сменив там зондеркоманду 10А айнзатцгруппы Д и приняв на связь ее агентуру.
В этот период оперкоманде подчинялась русская вспомогательная полиция, которая занималась выявлением коммунистов, комсомольцев и евреев, ежедневно представляя сведения в оперкоманду. Следствие по делам арестованных велось в городской тюрьме специальной группой следователей: Бляшке, Краузе и Янсен. Они же контролировали русскую вспомогательную полицию и использовали ее оперативный состав для проведения массовых арестов и следствия.
В начале сентября 1942 г. оперкомандой была создана в Ростове-на-Дону школа подготовки агентов для последующей работы на оккупированной территории. Первоначально школа размещалась в бывшем здании управления милиции Ростовской области. У входа в здание висела вывеска «СД 7 Ц 6».
В своем распоряжении команда имела около 30 солдат СС для охраны помещений органа и проведения карательных операции по области.
Обслуживающий персонал органа состоял из коллаборационистов, из которых несколько человек были немцами-колонистами.
Действовала на правом фланге южной группировки немецких войск на территории Молдавии, Юга Украины, в Крыму и на Кавказе. Руководителем группы первоначально был Отто Олендорф, в апреле 1942 г. его сменил оберфюрер СС Биркамп Вальтер. В состав айнзатцгруппы входило несколько оперативных и особых команд. В каждом из этих подразделений насчитывалось по 150–170 сотрудников, в том числе по 25–30 сотрудников Гестапо. Командам были приданы по взводу полицейских и солдат СС — из них формировались команды для проведения экзекуций.
До вступления на советскую территорию айнзатцгруппа Д располагалась в Румынии, в июне 1941 г. — в Бессарабии (штаб в Кишиневе), зондеркоманда 11А — в Черновицах, зондеркоманда 11Б — в Тирасполе, айнзатцкоманда 12 — в Белгороде-Днестровском (Аккермане) и Измаиле. Впоследствии все эти подразделения двинулись в глубь СССР.
