В теоретических дискуссиях, которые проходили в академии, сформировались его взгляды на характер возможных боевых действий Красной Армии в будущей войне, сложились представления о формах операций, стратегическом взаимодействии фронтов и т. д.
— Штабная работа, — не раз говорил Шапошников, — должна помогать командиру организовывать бой; штаб — первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения... В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками.
Возглавив Генеральный штаб, он с новой энергией стал добиваться постоянного улучшения штабной службы во всех ее звеньях.
Совет Народных Комиссаров СССР 13 марта 1938 года принял постановление об образовании Главного военного совета (до этого существовал Военный совет при Наркомате обороны). В составе Главного военного совета находился и начальник Генерального штаба Б. М. Шапошников, получивший таким образом возможность непосредственно влиять на принятие важнейших решений по вопросам военного строительства. В работе Главного военного совета участие принимал И. В. Сталин, входивший в его состав. Члены Главного военного совета прислушивались к предложениям Шапошникова, высоко оценивали его глубоко научный и деловой подход к сложным проблемам укрепления военной мощи нашего государства.
По инициативе Шапошникова Главный военный совет рассмотрел и утвердил предложенные им мероприятия по реорганизации оперативно-штабной службы и узаконил эти мероприятия специальным постановлением. Суть их сводилась к тому, чтобы повысить внимание командиров всех степеней к организации штабной службы, добиться того, чтобы штаб в целом, так же как командир соединения, части, нес полную ответственность за организацию и исход боя, а его начальник был первым заместителем командира как в мирное, так и в военное время.
...В 1937 году я продолжал учебу в Академии Генерального штаба, которая была создана по решению ЦК ВКП(б) в 1936 году.
137 слушателей первого набора, отобранных из работников Генерального штаба и штабов округов, командиров и начальников штабов крупных войсковых соединений и преподавателей академий РККА, приступили к занятиям 1 ноября 1936 года. Срок обучения нам был определен 18 месяцев. Однако завершить полный курс большинству из нас так и не удалось. В конце августа 1937 года и я совершенно неожиданно получил указание принять входившую в состав кафедры оперативного искусства (армейской операции) кафедру тыла. Назначение для меня было совершенно непонятно, так как в данной области я специально никогда не работал. Однако мне сообщили, что оно уже санкционировано начальником Генерального штаба. Еще через месяц так же неожиданно я был вызван в Генеральный штаб. Здесь меня принял Шапошников. Я, конечно, был взволнован.
