Коммунистическая партия и Советское правительство доверили Б. М. Шапошникову наивысшую в Советских Вооруженных Силах «должность Генерального штаба» — должность его начальника. В мае 1937 года после повторного двухгодичного командования войсками Ленинградского военного округа командарм 1-го ранга Б. М. Шапошников был назначен начальником Генерального штаба Красной Армии и заместителем народного комиссара обороны СССР.
Всей предшествующей своей жизнью Борис Михайлович был подготовлен к этой многотрудной деятельности. Надо сказать, что прекрасной школой для него в этом смысле была и работа в академии имени М. В. Фрунзе в 1932-1935 годах. За три с половиной года, в течение которых он руководил академией, сделано было многое. Существенно улучшился учебный процесс, учебные программы были приведены в соответствие с требованиями технической реконструкции Красной Армии. Значительно повышено качество учебных пособий, усовершенствована методика преподавания. Ведущей дисциплиной стала оперативно-тактическая подготовка слушателей академии. На более высокую ступень была поднята научно-исследовательская работа кафедр. Профессорско-преподавательский состав академии был пополнен людьми, обладающими опытом командования воинскими соединениями и частями в новых условиях.
Выражая свое мнение о задачах военной академии, Шапошников писал:
«Академия должна, с одной стороны, готовить общевойскового и штабного командира, вооруженного знаниями современной теории военного искусства, а с другой — дать армии практика военного дела... Знание военного дела, знание технических родов войск и умение организовать их использование в боевых действиях составляют важнейший отдел обучения в военной академии».
Большое внимание Борис Михайлович уделял оперативно-тактической подготовке профессорско-преподавательского состава академии. Мастерски владея методикой организации военных игр на картах, он проводил эти игры весьма поучительно и с творческим вдохновением. Они содержали актуальные вопросы теории и практики применения крупных мотомеханизированных и воздушно-десантных соединений на различных театрах военных действий. Убедительные разборы игр, которые проводил Борис Михайлович, были весьма поучительны для слушателей и преподавателей.
Отмечая заслуги Шапошникова в преподавательской и научной деятельности, высшая аттестационная комиссия в мае 1935 года присвоила ему ученое звание профессора. В решении комиссии, в частности, отмечалось, что Шапошников — военно-научный работник исключительной эрудиции и больших обобщений. Под его командованием Военная академия имени М. В. Фрунзе достигла новых успехов, она удостоена высокой награды — ордена Ленина.
