Он был отдан на мучения "жестокому приставу". Другой протопоп, сам Иоанн Неронов, заключен был по распоряжению Никона сначала в Спасский монастырь в Москве, затем переведен в Симонов, отсюда перевезли его на Цареборисовский двор. Во время переезда нарочно гнали лошадей вскачь, чтобы тряской в телеге замучить престарелого протопопа. На Борисовском дворе били его немилостиво, приковали на цепь за шею, как собаку, и, наконец, сослали его скованным на далекий север, на Кубенское озеро (Вологодский уезд). По дороге в ссылку о. Иоанн призывал всех православных христиан стать смело на защиту святой Церкви, которую Никон так позорит и проклинает. Из ссылки страждущий протопоп писал в обличение Никона и окружающих его лиц замечательные письма. Неронов умолял царя созвать собор из епископов и священников, а также и из мирян и на нем рассмотреть беспристрастно и полно деяния Никона. В ответ на письма и мольбы о. Иоанна, Никон сделал распоряжение сослать этого непоколебимого старца еще дальше на север - в Кандалакшский монастырь и держать его там скованным цепями, и не давать ему ни чернил, ни бумаги, чтобы он не имел возможности ничего писать из своего тяжкого заточения.
Тяжелая участь постигла и протопопа Даниила Костромского. Никон схватил его в Москве за Тверскими воротами, остриг ему голову, содрал с него однорядку и отдал его на истязание в хлебню Чудова монастыря. Отсюда он был сослан в Астрахань и был здесь замучен до смерти в земляной тюрьме. Тогда же схвачен был и другой Даниил, протопоп Темниковский, и "посажен в монастырь у Спаса на Новом". В Москве же был заключен в темницу и священник Михаил и "погублен безвестно".
Но больше всех пострадал протопоп Аввакум. В Москве он проживал в доме Неронова. По приказу Никона сюда ворвались стрельцы и арестовали его. Закованным в цепь отправили Аввакума в Андроньев монастырь. Здесь посадили его в мрачную темницу, мучили голодом и издевались над ним: волочили за цепь, драли за волосы, били под бока, плевали в глаза. "Бог их простит, - отзывался Аввакум о своих истязателях добродушно, - не их то дело, а сатаны лукавого". Из Москвы протопоп Аввакум был сослан в Сибирь: сначала в Тобольск, потом в Енисейск и в Даурию. Десять лет пространствовал великий страдалец на этом далеком пути, преисполненном всяких лишений, тяжких невзгод и невероятных страданий. Этот долгий путь был воистину мученическим подвигом. Все претерпел непоколебимый пастырь: голод и холод, кнут и встряски, мучения и всякие другие пытки. "Ох, времени тому", - с горьким вздохом вспоминал Аввакум эту мучительную ссылку.
