В декабре 1939 года «Эмс» поставили для срочного ремонта и переоборудования к причалу гамбургского завода «Ховальдтсверке». После полугодового заводского переоборудования на заводе «Эмс» превратился во вспомогательный крейсер «Комет» (в дальнейшем у него будет еще несколько названий), предназначенный для активной охоты за вражескими судами в различных районах Мирового океана. Командовал рейдером фрегаттен — капитан Кептель.
В процессе переоборудования на «Эмсе» было установлено шесть 150-миллнметровых орудий, замаскированных откидными щитами, десять торпедных аппаратов (также под маскировочными щитами) и девять зенитных орудий. Перед выходом в плавание на борт было приняты четыреста якорных мин (значительно больше, чем это было положено по штату даже для более крупных рейдеров), быстроходный катер, специально предназначенный для скрытных минных постановок, и большой запас артиллерийских снарядов и торпед.
В специальном корабельном ангаре был также размещен гидросамолет типа «Арадо». Наличие на борту самолета позволяло рейдеру вести дальнюю разведку в море, в том числе и ледовую. Радиосвязь и радиоразведку на корабле обеспечивали шесть высококлассных радистов, свободно владеющих русским и английским языками.
Официально крейсер имел на борту большой запас топлива, который позволял ему осуществить переход по Севморпути на Тихий океан без дозаправки, Другие запасы обеспечивали автономную деятельность рейдера как в арктических, так и в тихоокеанских водах. Кстати, что еще было в трюмах рейдера, вообще неизвестно. Руководителем этой ответственной экспедиции был назначен капитен цур зее Роберт Эйссен, который еще в годы Первой мировой войны на борту вспомогательного крейсера «Метеор» участвовал в нескольких боевых походах к берегам Мурмана, а в июне 1915 года ставил мины в Горле Белого моря. Позднее Р. Эйссен был назначен командиром уже нового «Метеорa», специально построенного для проведения исследований в условиях Арктики- Он хорошо изучил особенности плавания в арктических водах, когда занимался гидрологическими работами у границы льдов Гренландии и Исландии,
Как выяснилось уже после войны, замена судна — банановоза «Иллер» на пароход «Эмс» была связана не столько с различиями в крепости корпуса, сколько с существенной разницей в численности экипажей этих судов.
Так, на банановозе экипаж состоял всего из 35 моряков, а в составе экипажа «Эмс» было 270 человек.
Поэтому тех «спецпассажиров», которых планировалось скрытно доставить куда-то в Арктику, в случае перехода на «Иллере» было практически невозможно скрыть от советских лоцманов (не говоря о сложностях с их размещением на корабле). Иное дело—судно, в корабельных помещениях которого можно свободно разместить до 300 человек. Здесь достаточно большое количество «спецпассажиров» могло легко «затеряться» среди команды, а в нужный момент и в нужном месте незаметно исчезнуть с борта рейдера и заняться тем делом, рада которого Абвер определил их специальный статус!
