Карл V заинтересовался проектом, и Магеллан получил его разрешение на исследование востока вдоль пограничной линии, обусловленной Тордесильясским договором.
Летом 1519 года Магеллан был назначен главным капитаном флота из пяти кораблей. 26 сентября флот зашел за водой и продуктами на остров Тенериф. Перед отправкой в дальнейший путь, 3 октября, Магеллан получил письмо от своего родственника Диего Барбоса, который предупреждал его, чтобы он остерегался зависти испанских капитанов, в особенности Хуана де Картегена. Магеллан принял это к сведению и приказал сниматься с якорей.
Корабли двинулись на юг между Зеленым Мысом и островами Зеленого Мыса. Здесь они попали в полосу штормов и встречных ветров. Шестьдесят дней подряд шел дождь.
Наконец на мачтах и вантах появились мерцающие огни. Это были электрические разряды, которые моряки считали хорошим предзнаменованием. Скоро погода прояснилась. Корабли быстро пошли на юго-запад, к берегам Южной Америки. Но, еще не дойдя до них, некоторые капитаны отказались отдавать Магеллану полагающийся салют и стали возражать против взятого им курса. Тогда Магеллан приказал: «Следуйте за флагманским кораблем и не рассуждайте»
23 ноября испанцы приплыли к мысу Святого Августина в Бразилии и были хорошо встречены туземцами, а 13 декабря они вошли в бухту Санта-Лучиа, где теперь стоит город Рио-де-Жанейро.
В марте 1520 года флот достиг 45° южной широты. В мрачную и холодную погоду, с трудом пробившись через рифы, корабли вошли в маленькую бухту, которую Магеллан назвал Пуэрто Сан-Хулиан. Как только бросили якори, в ненастную ночь на 1 апреля, на кораблях вспыхнуло восстание. Тридцать человек с корабля «Консепсион», и в числе их Эль-Кано, захватили корабль «Сан-Антонио». Часть оставшихся верными Магеллану моряков была заколота, а часть закована в цепи. «Виктория», «Консепсион», «Сан-Антонио» оказались в руках мятежников. Гомес де Эспиноса и Дуарте Барбоса остались верны Магеллану.
Ночью мятежники пытались покинуть гавань на захваченных ими кораблях. Произошло настоящее сражение, в результате которого восставшие были разбиты. Времени для колебаний не было. Два зачинщика были высажены на пустынный берег, а остальные были казнены. Сорок человек команды были закованы в кандалы.
Порядок был восстановлен, но впереди лежал еще очень трудный путь. Надвигалась холодная, суровая зима Магеллан горел нетерпением обогнуть Америку и выйти в Великое Южное море. В конце апреля «Сант-Яго» получил приказ исследовать дорогу на юг. Остальные корабли стали его ждать. Время тянулось медленно.
